治制度的极大变动，从此天子直接面对六部，六部有建议权而天子独揽决策权。为弥补无宰之职所形成的空缺，皇帝另设内阁大学士，为天子襄理文墨。

    作为皇帝代言人的内阁大学士和司礼监，与士大夫的代言人六部之间的冲突进一步加剧。在杜车别看来，明朝政治一个最核心的特点就是舆论控制权和政治权力的分离独立。由司礼监太监掌握的锦衣卫和东厂的出现，弥补了皇权的萎缩。

    尽管锦衣卫并不是宦官，但宦官掌握的东厂所用的小特务都是从锦衣卫中挑选出来的，二者在组织上互相渗透。同时，锦衣卫和东厂的宦官首领私交都很深，而且锦衣卫中的高级官员都是宦官子弟，在人事上也有着千丝万缕的联系。明朝时，宦官渗透到了司法的各个领域，但其对军事的渗透力则不如唐朝。

    锦衣卫和东厂的存在，加剧了宦官与文官集团的矛盾。对于两者之间的斗争，《剑桥中国明代史》这样写道：

    在明代的大部分时期，控制政府决策权的主要斗争是在皇帝的两套顾问班子之间进行的。一套班子来自士大夫集团。他们的组织基础是翰林院及它对内阁职务任命的垄断。这个集团容易产生派系活动和正当的政策分歧，但是在大部分士大夫心目中，这类分歧不过是伦理和思想价值观念总的一致下的一个枝节部分。与之竞争的一个集团是皇帝的私人的官僚机器——宦官——连同他们管理皇宫的以司礼监为首的24个宦官机构。

    在宦官权炽之时，文官集团也显现出了与前朝不一样的气象。隋代首开了以文字水准代替血统作为选拔依据的考试，是为科举制度。之后，平民出身的进士在数量上开始压倒世族。在之前的九品中正制下，“上品无寒门，下品无士族”，重要官位几乎为门阀贵族所独享，但在隋唐时期，政府并不曾允许商人入仕。尽管执行并不一定到位，但隋文帝开皇十六年（596年）下诏，工商不得仕进，唐制也规定工商杂类不得预于仕伍。

    之后的朝代取消了这一规定，下层平民出身的官僚日益增多。有商人背景的家族开始重点投资培养子弟读书，让他们通过科举考试进入仕途，因为他们深知，要与官僚阶层结合的途径多种多样，最可靠的莫过于让有直接血缘关系的家族成员成为官僚阶层的一分子。

    晚明时期，商人后裔人数占到进士和举人总数的3/4以上。明清两代共考取进士51000人，其中商业最为兴旺的江南地区有7800余人，约占1/6，他们绝大部分都是商业富户的子弟。据《两淮盐法志·科举志》记载，明代两淮共取进士137名，其中徽、陕、晋籍占到106名；共取举人286名，徽、陕、晋籍有213名；均占总数的70%以上，而他们基本都是商人的子弟。

    中国士农工商社会秩序中的士商界限，自宋朝开始，已经有了长达几百年的模糊历程。特别是到明朝以后，士商界限已经模糊到身具理学大师和官员双重身份的王阳明为商人写墓志铭的程度。1523年，当王阳明为商人方麟做这件事时，他并不知道，这是中国士商史上的破天荒之举。之后，晚明名士、曾经官至南京礼部尚书兼太子太保的湖北人李维桢，也为浙江衢州府龙游商人李汝衡立了传，以表彰这个世代经商的家族乐善好施的品性。士商界限的模糊历程，一直持续到晚清。1905年科举制度被取消，士商力量的演变由原来的模糊状态发生质变，最终导致了清朝的覆亡，这是后话。

    在科举制度之下，宋明时的平民知识分子力量急剧上升，但与宋朝依靠高俸禄笼络文官不同，明政府对文官实行的是低俸禄，黄仁宇在中这样写道：

    他（朱元璋）的文官组织充其量也不过8000人，薪给之低，即依中国的标准看来，也算特殊，因为朱元璋自己以农民而为天子，在他的心目中，官僚之为人民