首先为了摧毁抗日战争的最大因素——国共合作势力，攻下汉口是绝对必要的。因为占领了汉口，才能切断国、共统治区的联系，并可能产生两党分裂”。此时，新组建的10个师团已基本组建完，6月15日的御前会议，遂决定进攻武汉。

    6月18日，日本大本营正式下达第119号作战命令和参谋总长第161号作战指示。主要内容是：预定秋初攻占汉口，令华中派遣军首先攻占淮河以南和长江沿岸至九江地区，以作为进攻武汉的前进基地，令华北方面军准备以一部兵力向郑州方向前进，以牵制北方的中国军队。

    日华中派遣军接到命令和指示后，积极进行进攻武汉的准备：一面调整部署，整补军队；一面令已占领安庆之波田支队（波田重—少将的台湾旅团，辖步兵2个联队、山炮兵1个联队）及海军第11战队，吴港第4、第5特别陆战队等继续沿江向马当、湖口、九江进攻。本来准备令己占领桐城、舒城地区之第6师团继续向大湖、黄梅进攻，以配合彼田支队及海军第11战队的作战。但由于从合肥西进过程中大批人员染患疟疾，减员2000余人，其先遣第11旅团又不断遭到中国军队第21集团军第31军第135师的反击，伤亡极大，已无力继续进攻。因而被迫停止在潜山地区休整，直至7月下旬方投入战斗。

    日军波田支队及日海军第11战队于6月22日开始溯江进攻，拉开了武汉会战的序幕。23日，突破马当、东流附近之水雷封锁线，在香口以北登陆，与马当守备区第16军第53师在黄山、香山阵地进行激烈的争夺战后，于26日攻占马当要塞。陈诚急电相邻第一战区第18集团军总司令罗卓英，命其“督率第16军、第49军及11师、16师等部，务速恢复香山，马当阵地而确保之，并规定攻克香山、及马当要塞区者各赏洋5万元”。罗卓英仅派刘多荃之第49军驰援，而刘多荃只派其第105师北进，第105师则令其第313旅向香山反击。28日收复香山。复令第313旅进攻香口。因反击香山己伤亡数百，日军又得到舰上火力的支援，故未能攻克。此时，日军后续部队、新从日本调来之第106师团已到达马当地区，其第101旅团与波田支队由南岸迂回至香山后方，于29日攻占彭泽。香山的第313旅等部队被迫撤回。日军于7月之日从彭泽西进，猛攻湖口守军第26师阵地，水，陆、空协同作战，激战两天一夜。7月4日20时，湖口失守。

    1938年7月4日，日本大本营确定进攻武汉所使用的兵力，并下达编成的命令。其战斗序列为：

    华中派遣军（畑俊六）

    第11军（冈村宁次）

    第6师团（稻叶四郎）

    第9师团（吉住良辅）

    第27师团（本间雅晴）

    第101师团（伊东政善）

    第106师团（松浦淳六郎）

    波田支队（台湾旅团、波田重一）

    第116师团之石原支队（会战后期加入战斗）

    战车第2联队

    野战重炮兵第6旅团

    海军第11战队（又增加第11、第12炮艇队的滑走艇队）及吴港第5特别陆战队

    第2军（稔彦亲王）

    第3师团（藤田进，8月25日编入第2军）

    第10师团（徐塚义男）

    第13师团（荻洲立兵）

    第16师团（藤江惠辅）

    骑兵第4旅团（10月11日由华北方面军转隶华中派遣军，10月14日配属第2军）

    战车第1联队

    野战重炮兵第5旅团

    海军吴港第4特别陆战队航空兵团（德川好敏，8月2日由华北方面军转隶华中派遣军）