挣扎、旋转、调整，企图认清方向，划向海岸。但风暴已经来临，小船跃上了波峰，只能被一种不可抗拒的力量推着向前走。

    由于叶企孙的“严重问题”，校党委建议他多作自我批评，多找老朋友给自己提意见，准备作第二次检讨。为此，叶企孙特地找来好朋友陈岱孙，花了一个上午给自己写检讨。1952年1月22日，叶企孙在全校师生员工大会上再作检讨。在这次检讨中，他按陈岱孙给他写出的大纲，给自己提出了9点错误、4点思想根源及3点改正的办法。这次他是用学术研究的精神来作这次检讨的，从根源到现象再到解决的办法，一步步紧紧相扣，内容深刻，言辞恳切。他在检讨中说自己“脱离群众，脱离政治”，“调查、检查及审查工作做得不好”，“不民主，搞本位主义，在院系调整时觉得清华应保持它的‘传统’的综合性大学的形式，主观地搞出一套调整清华院系的方案，不考虑这方案对全国各大学的影响，还影响了一些增设的系的开办”等等。会后群众反映这次检讨比上次进步，但仍不深刻，要求叶企孙深挖自己思想深处的污秽和肮脏。许多人指出叶企孙是“以资产阶级观点办清华”，“他是继续梅贻琦的传统”，“北大马校长到任后，工作有了很大的进展，为什么我们却没有一个好的领导？”有的教授还批评叶企孙“不积极参加政治活动，土改也不去，而且还推行天才教育论”等等，要求叶企孙再作第三次检讨。也有人干脆提出了“这样思想落后的人该不该留下”等问题。不过这个问题马上遭到了反对，大家都认为叶企孙是物理学界的元老，学术水平高，优秀门生多，而且物理离社会科学远，如果能好好帮助他，还是能起用的，特别是在一些具有旧道德观点的科学家教授中他还有其一定影响。此外，他的广博的物理（及一般自然科学）知识还是能起一定作用的。只要大家一起帮助他，触及他的精神，洗涤他的灵魂，他还是可以找到一条新的人生道路的。

    1952年1月24日，叶企孙作第三次检讨。叶企孙态度诚恳地说：“我看清楚了批评与自我批评是改正我的毛病的武器，今后一定要好好地改造自己……站稳人民立场……”直到大家热烈地鼓掌表示满意。运动似乎达到了它的目的。心理学系讨论时提出“我们以后互相提意见时，要向叶先生看齐”，并认为“清华园很少看到这样的民主气氛”。外文系杨周翰说：“对叶企孙与周培源的批评感动了我，这样的民主在外国连想也想不到。”

    在关于叶企孙的情况报告中有一段文字：“他（指叶企孙）现已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会的方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育。”“叶企孙能这样检讨是不容易的，应让他过关。”（《北大与清华》，国家行政管理学院出版社1998年版，第489-490页）

    1951年4月，叶企孙再次让全校师生为他的政治迟钝蒙羞。那是在大礼堂接待班禅额尔德尼的大会上，叶企孙致辞，竟当着众师生和许多高官的面说了许多“不应该说的话”。这些不合时宜的话与他的领导身份相去甚远。第二天，物理系的一些同学就把对他讲话的意见写成材料交给了他，叶企孙看后，专门在课堂上向大家作了道歉，他虚心地向同学们说：“同意你们的意见，谢谢！”但是，自从那次会议以后，在重大的政治活动中校行政领导的名单里就再也找不到叶企孙的名字，而是由副主任委员周培源先生出面了。