叶企孙渐渐感到他要被抛弃了。

    他仿佛嗅到了那场即将到来的风暴的气息。

    果然不出叶企孙所料，1952年，全国范围内的高等学校院系调整开始了。为了学习苏联老大哥，中国高校教育进行了全国一盘棋式的改革，提出了“以培养工业建设干部和师资为重点，发展专门学院和专科学校，整顿和加强综合性大学”的调整方针，将北京工业学院、燕京大学工业科学系并入清华大学。清华大学文、理、法3个学院并入北京大学。

    凭着教育家的经验，叶企孙知道，这种全国一盘棋的做法虽然对全国大环境来说有一定的好处，可以使一些地处边远的地域也能有发展教育的机会，但对于清华、北大这样的重点综合性大学，却是一次伤筋动骨的肢解，应该具体问题具体分析。清华大学的理工结合在历史上是经过长期努力才形成的，其中蕴涵着几代人的心血和智慧，没有一流的理科就没有一流的工科，这是经过实践证明的。美国麻省理工学院就是最好的例子。早在20世纪30年代，美国麻省理工学院校长康普顿就意识到了单纯的工科只能培养出一般的技师和工匠，及时将学校改造成理、工、文兼容的新型理工大学，这才有了现在誉满全球的麻省理工学院。把每一门专业过分具体化的做法势必会造成学生知识结构过于单一、缺乏创造性的弊端，对学生的成长极为不利，也必定为国家的发展埋下隐患。对于像清华这样的具有理、工、文、法、农、医等学院的基础较好的学校，如果采取添砖加瓦的做法，而不是用分、拆的办法，效果可能会更好。当时清华的许多教授建议叶企孙向中央反映一下情况，并写好了一个“大清华”的教改方案。叶企孙何尝不想保住众多教授合力共创的清华事业，但他那时已“人微言轻”了。“以大局为重”的思想使他忍痛割爱，将这个“大清华”的教改方案压了下来，他曾对当时和他一个办公室的樊恭杰说过，他“感情上很难过”，“不过政府既已决定，政府有政府的想法，我们应该尊重，应该按政府的决定去做”。

    据叶铭汉先生的回忆，叶企孙内心是不同意这一套做法的。他认为这并不是改革，而是“革改”，就是用搞社会革命那一套来统领一切，完全不懂教学规律，是不科学的。但这时候的他已是壮士暮年。大家都认为他落伍了，跟不上时代列车了，他已经得不到信任了。一种彻骨的凉意滋生出来，经过运动，他也学会三缄其口了。

    就这样，1952年的10月4日，清华大学的文、理、法3院在强制性的措施下被迫迁往北京大学，而北京大学的工学院也并入清华。在清华大学第一次开学典礼上，北京大学的校长马寅初曾说过这样的话：“今天我祝贺清华、北大结婚了。你们的教务长到我们这里来了，我们的教务长到你们那里去了；你们的文学院、理学院、法学院到我们这里来了，我们的工学院到你们那里去了，这不是结婚了吗？”全场为这般精彩的讲话而爆发出隆隆的笑声。但是没过多久，带有苏联基因的新清华便在这隆隆的笑声中暴露出了严重的弊病。

    1952年的秋天似乎比往年来得格外早。连日来的暴风骤雨使本来就很少说话的叶企孙变得更加沉默。除了每日必不可少的办公、开会之外，在北大镜春园里很少能看到他的影子。这些天，康生、陈伯达之流借苏联李森科的学说，在学术领域大搞阶级斗争；学生上课，不讨论与学习相关的事，而大谈政治；教授不搞教学研究，整天集合在一起开批判会，批判爱因斯坦、牛顿、麦克斯韦……没有什么人再注意他这个与政治脱轨的老学究了。有时候，叶企孙坐在他的那个有着大玻璃窗的书房里，看着窗外一天一天变黄的老树和日渐变少的小鸟会突然心生疑问，植物可以在冬天因寒冷而凋谢，鸟儿可以在冬天为饮食而南飞，为什么人类不能因环境的变化而冬眠呢？