次会议上发出了文化教育战线上的知识分子要开展自我教育和自我改造运动的口号，自此，以高校教师为主要对象的思想改造运动拉开序幕。

    这次运动是由北京大学校长马寅初在北京师范大学首先发起的。作为全国的重点高校，北大、清华当然不能落后，随之也发起了听报告、学文件、联系本人思想和学校情况开展批评与自我批评的改造运动，以达到改造思想，改革高校教育的目的。1951年9月29日周恩来总理应北大校长马寅初邀请在北大作的关于知识分子改造问题的报告，更加大了这一飓风的力度。叶企孙作为清华大学的负责人，也赶赴北京大学听了总理的报告。

    周总理的报告在首都高校引起了强烈反响。为了学习好周总理的指示精神，首都高校成立了京津高等教育学习委员会，简称“总学委会”，由当时的教育部部长马叙伦任主任委员，委员有北大校长马寅初、清华大学校务委员会主席叶企孙、燕京大学校长陆志韦等。1951年12月15日，中央教育部向全国高校发出了通知，介绍京、津两地高校教师学习情况和初步经验并推向全国。

    由此，一场轰轰烈烈的思想改造运动以燎原之势迅速遍及全国。

    1951年底，清华、北大发出通知：该学期的期末考试暂停，学生配合教师做好思想改造运动和“三反”运动。

    这是新中国为知识分子准备的第一份“礼物”。在巨大的社会浪潮之下，连普通的学生、工人都领会到其中的意义，而作为“社会名流”的叶企孙竟保持着他孩童式的天真。他对萨本栋的仗义执言就是一例。他是清华大学的第一号人物，有表达自己思想的机会，所以他说：“高校教育与科研，要‘自由、民主’”，“共产主义我赞成，最恨的是很多材料不让人看”，“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。他还批评冯友兰发表的“美国法西斯化”太过分了……这样一个“不识时务”的校务委员会主席，不批他批谁？

    1952年1月16日，叶企孙在全校干部大会上作第一次检讨，他概括地谈了自己的工作：“办公时间很少，每天只一点半到两点半”，“过去对政治学、经济学一向不感兴趣，解放后在政治学习上时间也花得很少，因此，水平不高，思想领导做得不够。”这确实是叶企孙的肺腑之言，天真的他以为这样就是检讨，就是所谓的思想改造，他还幻想着读完检讨赶紧回去做他的某项物理实验。可是他没有想到，这个时候似乎整个清华大学都比他这个校务委员会主席对运动领会得深刻，比他更深地吃透了这个运动的精神。工学院的老师批评他“以理压工”，化学系教授张子高批评他“对新鲜事物感觉迟钝”，地质系张席褆批评他“对政治太不热情，在旁观”，连他的好朋友陈岱孙、张奚若也批评他“今天讲兴趣太无关了，每年毕业生都是统一分配，而你还讲个人兴趣。以后不应再认为政府就是政府，学校就是学校，两不相干”。最后张仙洲更是一语中的：“叶企孙应向教育部自请处分！”许多人还认为叶企孙的检讨过于空洞，没有发自肺腑，不能通过。群众也自由发言，纷纷对他的检讨表示不满，致使当晚的干部会议继续举行直到深夜一点多钟。

    这种结果，叶企孙是缺少思想准备的，他没有想到他在清华人心目中的形象原来是这个样子的。他是赞成社会主义的，但不能理解这场运动的本质；他赞成大家端正一下思想，却对于这种疾风暴雨式的批评心存疑惑。他原来只希望大家在这场运动中互相提一下意见，有所进步就算过关了，但他没有想到这场运动的最根本的目的，是让知识分子脱胎换骨。叶企孙有些迷惘了。难道此身不换就不能进入社会主义？难道过往坚持科学救国的信念已成罪孽？叶企孙好像一叶突然失去动力的小船，在风暴即将到来的海面上