华园应按自己的传统办下去，不应当受到任何政治方面的影响。叶企孙回绝了国民党，决意留在清华。

    1948年12月14日，梅贻琦进城为学校事务奔波，被国民党阻于城内，同时受阻的还有陈寅恪等几位著名学者。南京政府连续来飞机接人，要他们飞往南方。这突然的事件让梅贻琦措手不及，他身为国民党大员，虽然也曾想过要离开清华，但没想到这么快，清华园里还有许多事务还没来得及处理。但是突然的变故已经容不得他多想，就这样，梅贻琦乘坐最后一班飞机离开了北平，之后又从南京取道上海到香港再到日内瓦，从此再也没有回到大陆。陈寅恪也以“贪恋广州暖和”之由，没有再回北平。吴宓也离开了清华。好友的离去使叶企孙异常痛心。

    梅贻琦的离去是整个清华的损失。叶企孙相信这一定不是梅贻琦所愿意的，他了解梅先生，梅先生一生为清华兢兢业业，鞠躬尽瘁。1941年梅先生上任10年、清华大学建校30年之际，在昆明举行的庆祝大会上，美国一所大学发来的贺电“中邦三十载，西土一千年”，便是对此最好的佐证。梅先生把他的一生都献给了清华，把他的血肉都融入了清华的这片土地，他怎能舍弃自己的血肉轻松走开呢？

    这时，清华园里已经能够清晰地听到解放军围城部队的枪炮声了。1949年春，傅作义将军在解放军大军压境的情势下，为了保护北平这座历史文化名城，宣布起义。消息传出，清华园里有了学生们的读书声。由于梅贻琦的离去，清华学人的目光纷纷聚集到叶企孙的身上，如一群失序之雁，急盼叶企孙能给他们方向。1949年5月，在清华学人的一致拥戴下，叶企孙被任命为清华大学校务委员会主席（当时北京几所大学校长均改为主席），履行校长职责，主持新中国成立阶段清华大学校务。

    叶企孙此时的就任对于全国高校界的影响不可低估。当时国民党正在催促长江以南的大学迁校，众院校都正处于惶惶之中，没有航标、没有方向，正是叶企孙的就任和清华的正常复学，使大家看到了骇浪中的航标，也纷纷于5月之后恢复正常的秩序，使中国的大学教育没有遭受太大的损失。

    9月，叶企孙作为教育界的代表，参加了第一届中国人民政治协商会议，当选为全国政协委员。

    正在大家为迎接新中国而重新抖擞的时候，叶企孙却听到了一个令他心痛欲裂的消息，厦门大学校长萨本栋先生不幸在美国病逝！

    萨先生死了，带着他对祖国的留恋和对中国核物理研究的遗憾永远沉睡在了异国的土地上。一时谣言四起，一说萨本栋崇洋媚外，到美国不是讲学而是避乱，二说萨本栋投机钻营，投靠国民党……

    叶企孙对这些中伤之语表示了极大的愤怒。已经很久疏于动笔的他毅然在1950年7月27日的《物理学报》上发表了一篇《萨本栋先生事略》，高度评价了萨本栋的一生。他在文章中写道：“他的死使中国物理学和电机工程界失去了一个重要的研究工作者，中国的学术机关失去了一个能干而且能尽力工作的行政工作者，中国的大学生失去了一位数理及工程方面的好教授。我们看他一生的工作，始终是不断地贡献他的全力。他的寿虽然不满47岁，他所做的事业和研究工作确实不少。”

    文章发出后，在社会上引起了巨大的反响。因为那时社会上已经刮起了“思想改造”的飓风。为一个曾经给南京国民党政府做事并且死在异邦的人写文章，是需要很大勇气的。许多人认为叶企孙不识时务，为一个死去的人正名，不值得。可叶企孙却不以为然，他认为一个人生前只要为国家民族谋利，为科教救国出力，人们就不应该忘记他，更不能因政治需要无端向他身上泼脏水抹污泥，这不公平。

    1950年6月23日，毛泽东主席在第一届政协二