4月16日，吴南轩在清华就职。其仪式一如罗家伦就职典礼，北平党政军警代表悉数光临，放气球，奏军乐，热闹非凡。吴南轩在会上致辞，公开宣布自己的使命是“为党国培养人才”，给人的感觉比罗家伦更罗家伦。

    此时的叶企孙，正在欧洲休假，就在吴南轩粉墨登场时，他和吴宓正在湖上泛舟游览。

    四月十六日（thursday）

    晨，阴雨。由el

    ver（territet）窗中外望，湖山水天，浑沦一片，作深青色，而雪山为云所断，云更由山顶出，绚丽如吐烟，色皆青白，比昨夕更饶幽韵。得诗一句，足成昨稿。

    晨餐后，仍微雨。与企孙出，乘电车（0.30franc）西行，沿湖滨，约十分钟至一刻，抵clarens（译音克拉朗）……（《吴宓日记》1930-1931卷，第252-253页）

    吴宓此时正在法国巴黎休假，叶企孙的学术休假地是在德国的哥廷根大学。按照学校规定，他将要在这里进修一年。二人相约来日内瓦湖游玩，于是方有吴宓日记中记述的4月16日之行。

    一个多月前，吴南轩尚在南京时，曾给远在德国休假的叶企孙拍了一封电报。电报里，吴用温婉的口气请求叶企孙能否暂缓休假，回国与其“共襄校务，援以助力”。吴南轩知道叶企孙的学术地位和崇高人望，若能获得他的支持，清华的诸多问题或许迎刃而解。吴南轩本是个狂傲的人，中央政治学校副主任的经历和蒋介石的后台使他有些飘飘然。但在叶企孙面前，他还是把自己的姿态放低了一些。他耐住性子在电报里说了一些软软的话，甚至有些低声下气。他想这样会更保险，叶企孙本是个谦和的人，常言说伸手不打笑脸人，我这样礼贤下士，况且还有蒋总司令的依仗，这个面子他总得给吧？

    哪料想，叶企孙还真狠狠地驳了他的面子。

    叶企孙回复说，正在课题之中，实难从命，冷冷地回绝了他。

    叶企孙的不合作态度在清华大学里边引起了不小的反响，在很大程度上影响了许多持观望态度的教授和学生，他们纷纷加入到不合作的阵营里，向吴南轩公开叫阵。

    吴南轩上任伊始，就秉承蒋介石的意志，独揽大权，实行校长专制，取消“教务会”和“评议会”的诸多权力，擅自任用私人亲信，将各系、科室主任全部撤换等等，一时引起全校师生的公愤……

    叶企孙又给了吴南轩第二次打击。

    就在吴上台不久，他和法学院院长陈岱孙、文学院院长冯友兰相商后，突然集体宣布辞职，并在京津媒体予以发布，一时成为驱吴运动的导火索。

    5月28日，清华大学教授会通过决议，公推萨本栋等7人组成呈教育部电文起草委员会，谴责吴南轩“唯务大权独揽，不图发展学术，加以蔑视教授人格，视教授为雇员”，并致电蒋介石本人，要求他“另荐贤能”，若问题不解决，“全体教授定于下学年与清华脱离关系”。

    5月29日，学生会召开全校学生大会，表示坚决支持教授决议，要求撤换吴南轩。学生会干部还组织学生整队环列到校长住宅，高呼驱逐口号，命令其即时离校。

    吴南轩在四面楚歌中离开了清华，他带着校印逃到了市内东交民巷利通饭店里，一想遥控办公；二想切断清华的经济来源，迫使就范；三想逃躲过风头，等来政府出面弹压；四想制造舆论，反诬教授会“唆使学生，胁迫校长”等罪名，以寻求社会的支持。

    清华师生对此针锋相对。学生会召开紧急大会，决定组织护校委员会，发表声明说“倘吴借武力到校，决武力护校，准备流血”。教授会也成立校务维持会，并选派代表去南京教育部请愿。

    吴南轩终于不敌，他身后的国民党