任命案公布不久，清华学生代表刘汉文、林文奎、汪镳便赴南京请愿。蒋介石以教育部长的身份接见了3位请愿者，他与3人扯了一会儿闲篇，几乎没听3人的申述，便说你们的意见我已知道，吴南轩先生已经告诉了我。希望你们回去转告一下清华大学的学生们，你们的主要任务是学习，我们的主要任务是管理校政，我们保障好你们的学习，也请你们不要妨碍我们的决定……

    3位南下请愿的学生又见了吴南轩，显然，由于蒋介石定了调，吴南轩除了“谢主隆恩”外，还要强化“党化教育”的理念。他谈了如下几点意见：

    （一）将遵照蒋主席的整饬学风的意旨及教育部所核定的长期发展计划，以大无畏精神、稳健步伐去执行。

    （二）在认识方面，将本着大公无私态度，推诚相见，绝不玩手段：“用人只重品学才能，无派别门户之见”，不带私人，也不轻易更动现职人员。

    （三）治事方面，将严守法治精神，不徇私情破坏法制，欢迎师生积极建议，将以公开态度，择善而从。

    （四）注意学校的均衡发展，绝不偏颇。

    （五）对清大的最大希望是，提高学科程度，养成浓厚的研究风气，注意培养学生的人格，“务使清大成为现代式重智的大学之外，兼备吾国古代尚德教育的美风”，使人才辈出，完成为党国培养人才的使命。

    （六）对于学生，强调“同学应注重自身学德的修养，少分心注意学校行政方面，盖学校行政之事，应完全由校长负责”。

    吴南轩的6条意见中，最后一条最后一句是关键中的关键：“盖学校行政之事，应完全由校长负责。”一句话，使当时的大学教育倒退了许多年。

    1912年，时任教育总长的蔡元培建议引进德国大学教育模式，并于1919年在北大率先设立“评议会”、“教育会”之后，这种教授参与大学决策与管理的观念便深深植根于清华大学的教授们心中。这项制度之所以在清华大学得以坚持和完善，和清华大学的教授族群多数来自欧美大学的背景有很大关系，特别是清华的“少壮派”，他们多数在美国完成了高等教育，美国式的民主和自由等社会价值观不知不觉成为他们对社会和单位的判断尺度和审美标准。他们尊崇的是学术之独立，自由之思想，他们排斥的是独断专制，党同伐异。他们在社会的坐标上往往只呈现一个隐形的轮廓，甚至像气体般柔软，像液体般流动，但有时候却比刀刃更锋利，比钢铁更坚硬。他们可能被挤压，或许会变形，甚至会服从，却不会从心底服膺。因此，当蒋介石委任吴南轩为清华大学校长时，清华大学的教授们在第一时间内考虑的并不是拥护不拥护，服从不服从，而是用他们自己的标准衡量吴南轩，看他适合不适合，符合不符合清华园的传统和思想。

    在清华人看来，吴南轩资质平平，并无学术地位，并非如蒋介石所说“学识极优”，让这样一个平庸却拥有极大政治权力的人长校，对清华无疑是一大戕害。而他的校长治校方略，则是推行专制的信号，校长一人说了算，和过去封建社会皇帝一人说了算有什么两样？

    尖锐的对立再次浮出水面。

    上次与乔万选的对决，其身后是国民革命军京津卫戍总司令阎锡山；这一次与吴南轩的对决，其身后是国民革命军总司令蒋介石。靠山一个比一个硬，一个比一个大。

    但清华园并不屈服。

    从罗家伦辞职起，叶企孙便以代理校长的身份出现，虽然委任为代理校务的还有冯友兰，但罗家伦一走，一些学生因冯友兰的北大背景，屡屡与冯和郭廷以纠缠，冯氏便不得不退而辞之。这样，在这段特殊时期里，叶企孙不得不站在清华大学这艘夜航船的最前端，接受着风口浪尖的考验。

    1931年