帅旗”飘荡中，同样沉浸在虚幻迷惘中的各色人等从四面八方云集而来，于乱世苍茫中企图求得一方良药，以壮行色。而此时的胡适端坐在北大校长的交椅上，一扫9年来在美受的委屈，特别是孔宋集团施加的窝囊气，野心顿发，开始摇动大旗呼风唤雨起来。按当时出任北大校长室秘书邓广铭的说法，头顶五彩光环，身配盟主“帅印”的胡适，不但“立志要把北大办好，也不但以华北地区教育界的重镇自任，而是放眼于全中国的高等教育事业，是以振兴中国的高等教育为己任的”。按胡适的构想，国家与其每年花费几百万美元送学生到外国留学，不如省出一部分钱来在国内建设少数世界水平的大学，只有如此，中国才有学术独立的希望。本着这一构想，胡适提出了一个“争取学术独立的十年计划”，即在十年之内先集中资源，经营五所基础最好的大学——北大、清华、武大、浙大、中央大学。十年之后再陆续扩充其他大学，逐步在整体上达到世界先进教育水平——如此强劲的势头与大胆构想，在教育和新闻界引起强烈反响的同时，也令一些政客很感难堪。当初傅斯年荐胡出任北大校长时，作为教育部长的朱家骅漠然处之，或许对这种情形已经料到。只是书呆子气仍未完全脱尽的胡适，没有意识到星转斗移、今非昔比的政治形势。令他没有想到的是，这一“宏大叙事”式的光辉蓝图，很快就像他归国时遭遇的西天彩虹，瞬间化为泡影。在急剧动荡的时代潮流中，政治腐败，经济崩溃，教授与学生皆陷入生存的困境而难以自拔，地下中共组织开始行动，发动学潮，展开与国民党政权的争夺战。如果说抗战前中共潜伏于各大学的地下组织尚属零散、隐蔽、小规模的闹腾，如今几乎已是公开的大规模的策反运动了。在“动地走雷霆”（郭沫若诗句）的滚滚学潮涌动中，胡适的大旗很快就被淹没在一片浩瀚急荡的急流赤水之中。

    此前的5月4日，傅斯年由南京抵平，正式筹备北大复校事宜。21日，针对西南联大学潮的吵闹不息与联大教授闻一多、吴晗等人的嚷嚷不止，傅氏极为愤慨地发表公开宣言，谒“关于学生运动，今日学生水准，不够为末来之建国人才，甚望能安心读书，专门作学问，学术绝对自由，惟不可作为政治斗争之工具。”这年7月底，复员的北大、清华、南开三校联合招考先修班学生，考生被录取后可自由选择学校与专业，根据国内情形，共分七个考区，分别为上海、北平、昆明、广州、重庆、武汉及天津。成绩出来后，七区成绩以上海考生为最佳，而昆明考生最差。为此，傅斯年对记者发表谈话，颇为感慨地说：“昆明区成绩最差，因高中学生从事政治活动，而疏忽功课所致。”因而“奉劝昆明同学今后为自己前途着想，努力学业，何必替人家做垫脚石”。

    同年8月4日，精疲力竭的傅斯年在北平《经世日报》发表了《漫谈办学》一文，提请政府与学校当局应负起应有的责任。面对啼饥号寒的师生，政府必须提高其待遇，“不要视之如草芥，这道理尤其应该请行政院院长宋公明白。……我们北京大学的教授，自国民政府成立以来，从来没有为闹待遇而罢课、而发宣言，这是我们的自尊处。但若宋公或他人以为这样便算无事，可就全不了解政治意义了”。傅斯年明确表示，在风起云涌的社会大动荡中，各校皆是面黄肌瘦的教员与衣食无着的学生，形同难民丐帮，希望他们不闹事生非，实在是不近情理的事。但就校长与教授们一方，必须打起精神，拿出为青年、为人类的赤胆忠心。如其不然，学校是假的，不如不办，免得误人子弟。

    话是如此说，但实行起来却是极大的困难，特别是吃饭问题，这是一个令各方都感到棘手和头痛且必须亟待解决的大事、要事。1945年初冬，受傅斯年和郑天挺指派，联大化学系教授曾昭抡，由昆明飞北平察看北大校园设施与化学系实验室及图书仪器