41年开始同朱家骅往来多了。1941年春夏时期，我在昆明受（收）到朱家骅的来信，叫我到国民党政府中央研究院工作担任总干事。当时朱家骅是该院院长，又是国民党党内的反动特务，是中央组织部部长。我应允朱家骅的邀请到了重庆作了中央研究院的总干事。我管计划、预算、审查著作、聘请人、筹备开会等。”又说：“我在中央训练团作过两次报告。中央训练团是培养训练政治上的反动分子，参加受训的都是（国民党）党员。我讲课两次，中央训练团负责人是陈立夫、段锡朋、朱家骅。我去中央训练团所作的两次报告是应中央训练团的聘请书而去的，所报告的内容是‘科学问题’、‘数理化’、科学的重要性等。”

    当“专案组”人员问到既然叶不是国民党员，为何收缴党费却要盖叶企孙私章的问题时，叶回答说：“因为朱家骅是党员，我是研究院负责人之一——总干事，我的图章放在总务主任王毅侯那，所以盖我的图章……（本来）应该盖朱家骅的章。为什么盖我的章，我也搞不清。”这个口供显然比叶企孙入狱前的交代要详尽得多，但从办案的角度看，要想与C。C。特务组织挂上钩，还有一大段距离。

    从叶企孙前后两次交代中可以看出，朱与叶作为同事之前，仅是熟悉而已。朱家骅之所以瞄上了叶企孙，除了叶自己所说的受到“正统思想”和“欧美资产阶级思想”的双重教育，一个重要原因就是叶的学术地位和组织处事能力非一般人可比拟。当时中央研究院各所的主要支柱，基本都是清华出身或与清华相关的欧美系统，而叶企孙在这个系统的地位之高、之重是有目共睹的。按冯友兰亲笔向中共中央军委专案组提供的“揭发”材料说：“叶企孙，按解放前北京教育界的派系说，是清华派的第二号人物（第一号人物是梅贻琦），在清华几次代理校务，当过理学院长，负责清华的几个研究所的工作，在清华有很大的影响。”冯友兰此话大致不差，正是缘于这种其他人无法企及的影响力，叶企孙才能做到“对于学者间的纠纷，尚能公平处理”。加之叶是一个无党派人士，性格温和，以此面目出现，对于各政治派别和学术利益集团的平衡，更有一种无形的亲和力与说服力——这便是朱家骅请其出山的根本动机。据资料显示，朱家骅最初想让叶企孙出任中央研究院总干事的计划是在1940年夏，当时梅贻琦因公赴渝与朱家骅相见，朱向梅表示，有意聘叶企孙接替身体欠佳的傅斯年担任中央研究院总干事。此前朱家骅与翁文灏、傅斯年已与叶单独做过沟通并谈及此事，叶表示“亦未尝不可尽其绵力，逐渐使该院之研究事业更上轨道”。但又说要看梅的态度再商定。梅听罢朱家骅的要求，颇感为难，表示清华方面的事务很难离开叶。当时西南联大的情况如冯友兰所言：“除了联大的总部外，三校各有其自己的办事处，自己设立一些机构，与联大无关。清华的办事处最大，自己设立的机构也比较多，主要的是那些原来办的研究所，有农业、航空、无线电、金属和国情普查等研究所，这些所都不招学生，与联大毫无关系。清华还有研究院，招收研究生，他们虽然也往联大听课，可是不算联大的学生。北大办有文科研究所，招收研究生，也与联大无关。”又说“当时的联大，好像是一个旧社会中的大家庭，上边有老爷爷，老奶奶作为家长，下边又分成几个房头。每个房头都有自己的‘私房’。他们的一般生活靠大家庭，但各房又各有自己经营的事业。‘官中’、‘私房’，并行不悖，互不干涉，各不相妨，真是像《中庸》所说的‘小德川流，大德敦化，此天地之所以为大也’。”

    清华办理的所谓“特种研究事业”，是指清华在战前办的农业、航空工业、无线电三个研究所，以及到昆明之后增办的金属学及国情普查等两个研究所。为便于统筹管理，清华把五个所组成一个“特种研究事业委员会