”，叶企孙为主任，主持全面工作。为了不驳朱家骅的面子，梅贻琦最后答应如果中央研究院非要叶出山赴重庆就任，最好不脱离清华而两边兼顾。这一条件令朱家骅未知可否，表示与同仁商量后再作决定。

    到了这年的9月29日，朱家骅致信梅贻琦，说已同翁文灏与傅斯年二人商量，不同意叶企孙两边兼顾，只能放弃清华而专任中央研究院总干事职。其理由是按中央研究院章程规定，凡院内专任人员不能兼职。为使问题更加清楚明了，在朱家骅授意下，1940年10月15日，翁文灏以中央研究院评议会秘书的名义致信梅贻琦，信中说道：

    叶企孙兄至渝后接理中央研究院各事，朱骝先及傅孟真诸君均热诚匡助，可以顺　　 利进行。惟有一事窃愿以友谊奉商者：兄前次至渝时，曾经谈及企孙兄于短时间内暂兼清华教务名义，但可以随时商停。此事固仅为一名义问题，但事实上亦有若干影响。中央研究院总干事一职向为专任，丁在君兄初受院聘时，方任北京大学教授，当经商定，俟功课教毕，完全离开北大（教授名义亦辞卸），然后方至院内任事。企孙兄最好能免兼大学教授（但如聘为名誉教授则似尚可行）。此事弟与企孙兄面谈时亦经提及，并以奉陈，敬希察照酌采，至为企幸。

    梅贻琦接信后，对这种“霸王条款”表示不能接爱，遂置之不理，坐看朱、翁等人如何处理。1941年5月16日，梅贻琦因公再赴重庆，想起几个月来朱、翁二人书信不断，为叶企孙事纠缠不休，便想借此机会就此事来个彻底了结。据梅贻琦日记载：

    5月21日，“六点半至牛角沱资源委员会访翁咏霓，谈企孙就中央研究院总干事问题。”22日，“五点往巴中组织部访朱骝先部长谈企孙问题。”

    5月30日，“十一刻至中央医院门前，往返园中一刻许，寻得傅孟真所住病室，渠于前日曾割扁桃体腺一半，说话不便，未敢与之多谈。”

    此时傅斯年重病在身，中央研究院总办事处急需有人接替料理，在朱、翁、傅等人的恳切要求下，梅贻琦终于同意叶企孙以请假的名义离开清华，专任中央研究院总干事职。朱、翁、傅等人听罢，各自才长出了一口气。

    叶企孙在狱中审讯时，因几次提到拉他人中央研究院的关键人物翁文灏，“专案组”遂找到国民党统治后期的行政院院长、时住在北京的翁氏，让其写揭发叶的材料。在一份由他人代笔，翁文灏本人阅后签字的材料中说：“叶在清华大学，作物理学系主任。我也在那里教过书。解放以前，听人家说，那时是伪中央研究院，朱家骅想请叶当总干事。权力第一是院长，第二位就是总干事。叶去过一下，时间很短，没有做下去，很快就离开了。……朱家骅作过交通部长，北洋军阀时期朱是北大教授，后来做过很多国民党的工作。朱与叶一定认识，否则，朱请不动叶到中央研究院当总干事。”

    听翁文灏的口气，似乎国民党在重庆期间，他本人没有同朱家骅争夺过中央研究院院长的位子，也不是大权在握的中央研究院评议会的秘书，更不知朱与叶此前是否相识，只是“听人家说”，那时有个伪中央研究院的机构如何如何。翁氏真不愧是宦海名宿，从官场名臣李鸿章那里学来的“捣糨糊”的回旋术和脱身术，可谓至绝至妙矣！

    “专案组”在叶企孙与相关证明人的口供中找不到叶企孙参加C。C。特务的证据，很是恼火，便几次将清华大学那位揭发叶是C。C。特务的中层行政干部捉来审问，希望从中找到突破口。这位干部一口咬定叶企孙确实是C。C。特务，并煞有介事地说：“中统（特务组织）在清华，梅贻琦、吴泽霖、沈履、叶企孙、戴世光等人是领导核心。梅贻琦总其全权，在北平由国民党市党部情报组直接领导。”又说：“清华的几个院长如冯友兰、陈岱孙、