正当“南曾北夏”于文物、考古领域大展宏图之时，始料不及的政治运动接踵而至。在风卷浪滚的政治背景裹挟下，作为一名踏入新政权门槛的自由知识分子，倘只埋头学术研究，则被认为是落伍甚至是对抗革命的恶劣表现，思想改造成为不可避免的生活方式。早在1951年10月23日，毛泽东在全国政协一届三次会议上明确提出：“思想改造，主要是各种知识分子的思想改造，是我国在各方面彻底实现民主改革和逐步进入工业化的重要条件之一。”至于为什么“要思想改造”，周恩来曾作过这样的解释：“因为我们过去的思想不是受着封建思想的束缚，就是受着帝国主义奴化思想的侵蚀。只要我们有些知识，就在受到这些影响。”“这就需要我们每一个人不断地在思想上求得改造，以适合我们今天新中国的需要，适合于人民的利益。”

    1951年12月23日，南京为迎接“思想改造运动”，成立了南京市毛泽东思想学习委员会，曾昭燏受聘担任该会委员。就在这年冬天，她主动要求参加赴皖北太和土改工作队，到基层接受“改造”。据当时刚从学校分配到南京博物院的罗宗真回忆：南京博物院第一批人员　 　 去安徽太和地区搞土改，此地人民生活异常艰苦，社会治安混乱，前来进行土改工作的工作队队长晚上都把手枪枕在头下睡觉，时刻防备不测之事发生。有位年轻人把情况写信向曾昭燏汇报后，曾院长表示要作为第二批队员来太和，与大家同甘共苦，共创理想中的改造运动之伟业。罗说：“她当时的身份是官宦地主家庭出身，南京博物院副院长，南京市妇联副主席，颇有一定声望的知名民主人士，主动要求下来参加土改运动，体验生活，接受教育，这是非常不容易的。后来经过批准，她终于下来了。……给人以印象她是强烈地要求思想改造，以消除自己身上地主阶级的烙印。这和她后来一直向党靠拢，并在1960年前后屡次向党提出申请，要求加入共产党组织，是她一贯的思想发展轨迹。”同许多知识分子一样，当五星红旗在南京博物院粗壮高大的旗杆上升起之时，星光照耀下的曾昭燏瘦小的身影，仰望代表着中共胜利与光荣的猎猎旌旗，顿时觉得自己的渺小与身心所带有的“罪恶”，一股恐怖与不祥的阴影弥漫心头。根据上级指令，她必须老老实实地向中共组织交代自己的家庭背景和人生经历，并毫无保留地交代做过哪些对共产党不利的事。指令下达，曾昭燏如泰山压顶，气喘胸闷，无论是家庭出身还是人生经历，在江山易主、改朝换代的历史轮回时刻，都令她感到英雄气短，心生愧疚。如果当年自伦敦归国不是跑到昆明，或苍山洱海甚至四川李庄的小镇上搞田野考古发掘、研究，而是像后来改名尹达的刘耀一样，越过国民党军与日军血战的武汉战场，一路化装打扮，穿越国民党在晋陕的封锁线，跑到延安宝塔山中的窑洞里蹲起来研究马列主义，那该是多么光荣伟大的革命事业呵？那样的前景该是多么光明？历史已矣，后悔已迟，青春岁月如潮水东流，一去不返。现在要做的只能是立功赎罪，争取党和人民的宽宥，加之拼命工作，低调做人，如此这般，可苟全性命于盛世。然而，这个苟全也并不像当年在南阳耕地的诸葛孔明那般舒适潇洒，必须眼观六路，耳听八方，在每一个生活细节上谨小慎微，三思而后行，否则，后果依然不堪设想。

    有了这一清醒的认识，曾昭燏在交代材料中所采取的策略是，尽量真实地叙述家庭背景和人生经历，但在叙述的同时必须注意称谓和情感的流露，旗帜鲜明地表示哪些事是不该做的，哪些人是反革命的，对过去做错的事与接触的反革命分子如傅斯年之类，必须予以唾斥和谴责，以示决绝的态度与对党的忠诚。只有如此，才能达到机关算尽又误不了卿卿性命的境界。在这个思路指导下，类似于《李秀成供词》的《自传》就此出笼。