完成主体工程建设。为彻底消除苏州河黑臭，市政府又分别于2000年、2003年和2006年相继启动苏州河综合治理一期、二期、三期工程建设，工程累计总投资140亿元。水务部门以重塑江河的雄心壮志，以连续9年的不懈努力，夺取了苏州河综合治理战役的全面胜利。昔日黑似墨水、臭不可闻、令人掩鼻而过的苏州河，如今河道水质已经基本达到景观水标准，河水碧波荡漾、水中鱼虾回游，水生态得到逐渐恢复；河道边坡两岸花红柳绿、绿树成荫，成为两岸居民休闲、晨练、娱乐的亲水之处。

    第二战役：推进中心城区黑臭河道和郊区骨干河道整治。为全面改善中心城区水环境面貌，在苏州河综合治理首战告捷后，水务部门立即组织力量向位于市中心城区的苏州河黑臭支流发起冲击，并通过连续三年的艰难治理，如期实现中心城区河道基本消除黑臭的阶段性目标，大多数市民对治理成果表示满意。在中心城区除污治黑的同时，郊区打响了骨干河道整治战，三年治理，取得了区域除涝、水资源调度、水环境承载、通航能力和水环境面貌得到同步提高的预期效果。

    第三战役：发起市郊接合部和城镇化地区黑臭河道整治攻坚战。市郊接合部和郊区城镇化地区，是改革开放后经济增长的新高地，也是水环境污染的重灾区。这些地区排水设施先天不足，受工业化、城镇化以及外来人口不断增多等多种因素影响，多年来河道水环境一直处于严重病危状态，大量污水直排河道，并出现有河皆污、鱼虾绝迹、逐年变黑等恶化之势。为彻底改善这些地区的河道水环境面貌，市区联手、协同作战，于2006年初春发起了市郊接合部和郊区城镇化地区黑臭河道整治攻坚战。三年来，铺设截污管道、拆除沿河违章建筑、清除淤泥垃圾、修建护岸边坡、植草种树栽花等各种手段相结合，攻坚战取得阶段性胜利。整治后的河道面貌焕然一新，河中水清面洁，坡岸花草摇曳，而且还因地制宜地建成了一大批各具特色的景观河段，当年的黑臭河道如今成为了当地群众休闲喜爱之处。

    第四战役：实施郊区万河整治。上海郊区河网密布、沟渠纵横、水系发达，属于典型的江南水乡。受工业化进程等影响，散布于宅前屋后的郊区2万多条河道也深受其害，并出现水质污染、河道淤浅、水系不通、水体不活等恶化状态。为重塑江南水乡风韵，全面改变郊区水环境面貌，市委、市政府把推进郊区河道整治写进了八届七次会议决议和“十一五”发展规划。市水务局及时作出了水环境治理重心向郊区转移的工作部署，并于2006年纪念“世界水日”之际，在向社会作出用三年时间全面完成郊区万河整治的庄严承诺声中拉开整治序幕。郊区中小河道点多、面广、线长，河道种类多，治理要求不同，市水务局在反复实地调研的基础上，及时确立了“因河制宜、分类整治”的治理方针，建立了项目责任制、工作例会制、工程监理制，以及政策牵引、立功竞赛、跟踪评估等工作机制。区县和相关部门积极配合、通力合作。通过三年的艰苦奋战，郊区21728条段16247公里河道得到全面整治，乡村水环境面貌发生可喜变化，河道蓄水、调水、自净能力得到明显提高。许多数十年来未曾整治的村宅河道重新焕发勃勃生机，郊区各地还因地制宜地建成了一大批小桥流水、水榭亭台、亲水回廊等颇具江南水乡风韵的滨水景观带。在建设环境友好型社会、建设社会主义新农村中，有力地发挥了先发效应。同时，为巩固治理成果，以市和区县实施“万人就业”、“千人就业”项目为契机，积极推进河道保洁队伍建设。目前，全市共建有河道保洁社216家，保洁巡视员136名，河道保洁员15988名，配备各类保洁船只3024艘。市管和区管河道保洁覆盖率分别达到74%和89%，镇管和村级河道保洁覆盖率分别达到99%