企改革中成了最可悲的牺牲品。吴敬琏认为，工人阶级一直被宣传为“国有企业的主人翁”，可是他们与企业的资产关系却一直是模糊的，因此国有企业的产权改革必须考虑到这一点。

    早在1991年9月，吴敬琏在《国有资产管理》杂志上发表《大中型企业的法人化与公有产权》一文，提出了自己的观点。他认为，企业承包责任制只是在政企职能尚未分开的条件下的一种过渡性办法，而在“最终所有者”和经营者之间进行产权分割，把部分所有权转移给经营者的“股份制改革”，破坏了“所有者——董事会——经营者之间的制衡关系”，也是“一条同现代工业组织形式发展趋势相悖的道路”。他所主张的办法是，把国有企业改组为由各级政府的投资公司、保险公司等金融机构、其他企业、养老金基金会、捐赠基金会等法人组织持股的股份有限公司。在稍后的著作中，吴敬琏进一步明确，最重要的机构投资者，是由职工拥有的全国社会保障基金。

    1992年，在主持“中国经济改革总体设计方案”时，吴敬琏将这一设想与同事们一起推演完善，由周小川和王林执笔完成了《社会保障：经济分析与体制建议》的专题报告。他们建议，应改变现有的社会保障制度，将现收现付制改为个人账户制，把个人收入的一部分以预筹方式纳入社会保障资金。

    在1993年6月的中央台电视讨论会上，谈及国有企业的股份制改革，吴敬琏说：“我们应该让更多的国有企业改制以后股票上市，出售以后收回来的钱不把它马上拿去投资，而要由政府收回来。”这是一段在当时听上去非常费解的话，主持人没有顺势追问下去——“收回来干什么呢？”他在此前早就多次建议：用来归还国家对老职工的社会保障欠账，形成全国社会保障基金。

    吴敬琏在一份政策建议书中提出，应当从国有资产中“切出一块”，划入老职工的个人账户，以补偿国家对他们的社会保障欠账。吴在文章中写道：“显然，这样做是既合理又合法的，因为在工资扣除基础上形成的这部分国有资产产权本来就属于为这种积累作出贡献的老职工，在改行个人账户制时，自然应该将这部分积累付还给他们。国家是否偿还对曾为国有资产的存量作出过贡献，又往往在经济改革利益重组过程中受到某些利益损失的老职工的这笔欠账，是一个关乎数以亿计的老职工的基本权益和政府的政治信誉的重大问题。”

    吴敬琏在晚年口述史中讲述了这个建议最终没有被采纳的经过。他说：“这种建议往往受到两方面的反对，一方面是国有企业管理部门，有人说这是把国有资产变成了职工的私人资产，明摆着是国有资产的流失。另一方面是社保部门，他们反对得更为厉害。”据吴敬琏回忆，当时的财政部长是这一建议的赞同者，他曾下令财政部按吴敬琏等专家提出的方案编单子，划拨一部分国有资产到社保基金中，去还老职工的欠账。可是，这一做法很快被高层制止，理由正是“造成国有资产的大量流失”。吴敬琏在2009年写作的《中国经济六十年中》记录道：“1993年十四届三中全会决定养老保险采取个人账户制。一些经济学家提出了从国有资产中‘切’出一块补偿老职工的办法来充实‘老人’和‘中人’的个人账户。当时就有人以“国有资产流失”为理由加以反对，以致无法把老职工的个人账户制养老保险建立起来。”

    到了90年代中后期，国有企业的大面积亏损以及随之而被迫展开的产权改造运动，使得工人失业——当时叫“下岗”——数量激增，1996至1997年间，失业工人总量已经达到1500万人，其后直到2000年，这一数字一直居高不下，这成了当时最可怕的“社会炸弹”。作为改革方案的设计者之一，吴敬琏一直目不转睛地“盯”着这种现象。在1998年前后，世界银行和国