京大学的毕业生黄华来见他了，这位后来成为新中国外交部长的高材生，奉命来到南京与曾经的老校长打交道。司徒雷登在回忆录中说，“他对我本人是友好的，然而他却完全‘赤化’了，所有的外交官，都被按照外国平民来看待”。

    中国的最终定局让各方都抛弃了他，在司徒雷登即将回国的时候，美国国务院发表了一本近千页的《对华白皮书》，以洗清自己的责任；毛泽东在那篇著名的《别了，司徒雷登》中还有意点明了白皮书为何发表在司徒雷登离华赴美“将到未到”的尴尬时期与玄机，其中更是预示了他黯淡的政治前景。在1945年抗战胜利后，毛泽东在重庆第一次见到司徒雷登，曾满脸笑容地对他说：“……久仰！久仰！你们燕大同学在我们那边工作得很好……”

    同一时期，同一城市，司徒雷登见到了当时中国的驻美大使顾维钧，两人在庆贺抗战胜利之余，顾维钧说：“我在美国生活了二十年，美国是我的第二故乡。”司徒雷登笑着说：“我出生在中国的天堂杭州，在中国生活了四十五年，中国是我的第二故乡。”

    回到美国后的司徒雷登，其晚年的处境是寂寞而悲伤的，不久他就中风卧床，脑血栓造成了半身不遂与失语症，最终使他完全丧失了生活自理能力。司徒雷登只有一个儿子（也出生在中国，后来回到美国接受教育并在当地做了牧师），但是他的儿子收入很低，并没有能力照顾他。好在他的学生兼私人秘书傅泾波，始终不离不弃地跟随在他的身边，成为司徒雷登晚年唯一的宽慰和希望。在司徒雷登出院之后，傅泾波用自己不多的积蓄买了一栋小楼，让他与自己及家人住在一起，并陪伴他走过最后的十二年。“一日为师，终身为父”，司徒雷登曾在早年给予过傅泾波无私的关怀和培养，而傅泾波的报恩，更是在异国他乡充分展示了中华民族的传统之可贵。

    让司徒雷登痛心的是，1952年中国高等院校仿照苏联模式进行院系大调整，燕京大学被撤销，北大迁往燕园（即燕京大学原址）。由此，司徒雷登一生的心血与事业，曾经风光无限的燕京大学，就此消失在历史的尘埃之中。

    1962年6月5日，司徒雷登的夫人艾琳在北平去世，她的墓地成为了燕大校园中的第一座坟墓。1962年9月19日，司徒雷登因心脏病而去世，终年86岁。在去世之前，司徒雷登写下遗嘱，将他的全部文件赠送给傅泾波，并请傅泾波替他完成两个心愿：一是将周恩来于1946年在重庆时送给他的一只明代彩绘花瓶送还给中国；二是在他死后将他的骨灰送回中国，并安葬在燕大校园未名湖畔他妻子的身旁。

    明代彩绘花瓶如今早已物归原主，而司徒雷登的第二个心愿则迟迟未能实现。所幸的是，作为司徒雷登“第二故乡”的杭州，倒是为他做了点事情。1985年，坐落在天水桥耶酥弄的司徒雷登故居就被列为杭州市文物保护点；2002年起，司徒雷登故居正式对外开放；2008年11月17日，司徒雷登的骨灰被安葬于杭州半山安贤园，墓碑上只有简简单单的一行话：“司徒雷登，1876～1962，燕京大学首任校长。”