在慧忠生前，也就是在惠能以后的五、六十年中间，至少已经有了两个《坛经》本子在流传：一个是慧忠早年见过的本子，另一个就是经南方宗旨改换过的本子。关于前者，现在难以确知其详情，有可能就是早期流传的《坛经》原本。而后一个本子，情况则比较复杂。因为在历史上，神会或神会门下也曾改换过《坛经》。那么，神会门下所传的本子是否就是南方宗旨本呢？有人认为，这个南方本子，当属大树南方宗旨的荷泽禅系所造，也就是今天敦煌本的原型。我们认为这还可以再讨论。从慧忠与南方来的禅客的问答中可以了解到，所谓南方宗旨是以见闻觉知为佛性的，佛性亦称神性，是离却墙壁瓦石等无情之物而永恒不灭的。身是无常，其性常也，此身即有生灭，心性无始以来未曾生灭。抛弃无常之身心，使灵台智性，迥然而去，名为解脱。就南方宗旨张扬的无情无佛性思想而言，与神会佛性遍一切有情，不遍一切无情的思想是一致的，这种思想在现存的敦煌本《坛经》中也可以见到。而《神会语录》中关于佛性无受、身是妄身、梦中被打，为睡身不觉知等思想与身性为二、性知痛痒的南方宗旨也是相通的，它们都有将身性分别说的倾向。但就南方宗旨以佛性为常、以不灭的灵觉之性离无常之身而为解脱的思想而言，却与神会所主张的佛性不有不无、性不离妄等是有差异的。而现存敦煌本《坛经》中虽有法身色身相异的思想，却并没有离却身心为解脱的思想，相反，它强调的是应该见自色身中三身佛，于自色身归依三身佛，这显然与神会思想相近而与南方宗旨不合。因此，以南方宗旨对《坛经》的改换与神会门下对《坛经》的增删可能并不完全是一回事。那么慧忠所见的南方宗旨本是否就是神会门下据以改编的本子呢？就现有资料看，有这种可能，但不能下最后定论。

    一般认为，现存的敦煌本《坛经》是法海记录并经神会系整理补充过的本子。关于神会系对《坛经》作了一定的增删后将其作为传宗的凭信或依据，这在史籍中也是早有记载的。卒于828年的韦处厚在为马祖道一的弟子大义禅师所作的《兴福寺内道场供奉大德大义禅师碑铭》中曾述及当时禅宗的四派，在提到神会系时说：洛者曰会，得总持之印，独曜莹珠，习徒迷真，橘枳变体，竟成《坛经》传宗，优劣详矣。胡适曾据此提出过《坛经》是神会所作或至少其中的重要部分是神会所作的观点。其实，这里神会门下竟成《坛经》传宗的说法，并不是明说《坛经》是神会门下的习徒所作，而是指神会系利用《坛经》作为传宗付法的依承。这从现存敦煌本《坛经》中也可以找到根据，如其中多次提到，已后传法，递相教授一卷《坛经》，不失本宗。不禀授《坛经》，非我宗旨。"无《坛经》禀承，非南宗弟子也。这都表明神会一系是以《坛经》来取代达摩袈裟作为传法依据的。他们之所以这样做，也可以从当时的历史背景中找到原因。神会在滑台大会上为南宗争正统的主要武器之一就是强调从上相传，一一皆与达摩袈裟为信。但他同时又不得不承认其袈裟今见在韶州而不在自己身边。惠能的同门智诜的门下正是利用了这一点，宣称袈裟在他们那儿，以示他们为正统。神会没有惠能的信衣，如何证明自己是正宗呢？为了给自己寻找新的传承根据，抬出《坛经》以取代袈裟就是很有必要的了。神会一系在竟成《坛经》传宗以后，在《坛经》中添加些传宗的内容，并抬高神会，这是很自然的，但这并不意味着从根本上改变《坛经》的基本内容。从现存敦煌本《坛经》的一些记载来看，许多都与神会的思想和神会门下的传说并不一致。对照《神会语录》等，其在思想义趣与风格上也有一定的差异。敦煌本《坛经》所记载的惠能十大弟子，以法海为首，以神会为末，也从一个侧面说明了《坛经》最初是由法海集记的可信性。日本学者伊吹敦最近根据敦煌本中的传授系统跟神会