动用了酷刑。杨乃武双腿被当场夹断，小白菜的十指也全部被拶脱，露出了白骨。二人受不了严刑拷打，再次照原供诬服。

    得到了口供，胡瑞澜还没有就此高枕无忧。此案因为案情变幻反复，审理多次，其间犯人、证人供词多有矛盾之处，为了让案情尽快了结，成为定谳，他很是费了一番心思。比如有证人说同治十二年八月二十四日葛品连因腌菜迟误殴打小白菜，小白菜自剪其发欲出家为尼，杨乃武听闻后前往探问，走到王家门口见房内人多，没有进去就返身而回；但又有证人说看见杨乃武在小白菜房中调情，被葛品连撞见后，杨乃武逃走，葛品连一怒之下殴打小白菜，邻居前来劝解时，葛品连借口说是因小白菜没有腌菜。这两种说法差别很大，胡瑞澜经过考虑后，改成“该日虽为腌菜迟延争闹，实为与杨奸情引起”。又如葛品连母亲喻氏怀疑儿子死因盘问小白菜一节，喻氏先是说小白菜拒不招认谋毒情节，后来又说从小白菜口中盘出与杨乃武勾结谋毒情形。前后说法不一，明显矛盾，胡瑞澜改为“葛毕氏初则言语支吾，继称杨乃武交给流火药”。这样，经过刻意的修饰后，整个结案报告的漏洞均被弥补，看起来天衣无缝。

    光绪元年（1875）十月初三，胡瑞澜将案情审结上报朝廷，称此案无有冤滥，拟按原审判罚定罪：葛毕氏以因奸同谋杀夫罪，拟凌迟处死；杨乃武以奸夫起意杀死亲夫罪，拟斩立决，又以作假呈词京控，罪加一等；“钱宝生”拟以私卖砒霜致成人命罪，拟杖八十；王阿木以强令“钱宝生”递交悔呈，又为叶杨氏作抱京控，与王廷南、姚士法等拟杖八十；杨恭治、吴玉琨等为杨乃武具呈作证，递具公禀，因不知杨乃武因奸谋命情事，与并未通奸之何春芳，并未诈赃之阮德，均不予追究罪责。

    除了结案报告外，胡瑞澜还向朝廷上呈了《招册》，即包括案犯杨乃武、小白菜的供词和沈喻氏、王林、“钱宝生”等证词在内的详细记录。本来按照惯例，总督巡抚审理的死刑案件只需呈报审结报告，不需要人犯供述和证人证词。胡瑞澜这样做，自然是为了表示自己秉公执法，没有徇私舞弊。

    由于胡瑞澜审理此案是以钦差的身份，案情审结后，原承审官员均如释重负，弹冠相庆，还设宴宾客，都以为此案历经七审，铁证如山，不会再有反复了。然而，杨乃武案当时已经众所瞩目，成为舆论的热门话题。而案情牵扯进来的两方力量，一派是握有重权的浙江巡抚及湘军势力，一派是手无寸铁的小民，在大多数人的心中，自然而然地同情弱者，不少人更是坚信这是一桩酷刑下造就的冤案。没想到被寄予厚望的胡瑞澜最后审理的结果，依旧是维持着小白菜凌迟处死、杨乃武斩立决的原判。《申报》将胡瑞澜的审结报告予以报道后，朝野一片哗然，舆论汹汹，愤愤不平的人大有人在。

    光绪元年（1875）十月十八日，户部给事中边宝泉率先发难，上奏揭发胡瑞澜与浙江巡抚杨昌浚素来交好，胡瑞澜办理杨乃武案时“外示严厉，中存偏袒”，有官官相护的嫌疑。尤其在关键环节上，胡瑞澜没有详加追究：一来是因为胡瑞澜本职掌学政，没有办过刑事案件，抓不住要害；二来胡瑞澜为杨昌浚的下属，其考成决定于杨昌浚，他当然不敢翻案得罪杨昌浚。为了表示公正，边宝泉建议该案应该交给刑部从头审理。

    这位边宝泉倒跟前面那位刑部给事中王书瑞不同，并非浙江籍官员。他原籍奉天辽阳，其祖先随清军入关，属镶红旗汉军籍。在严厉防范汉人的清王朝，边宝泉可谓是朝廷的亲信一派了。甚至当年风云人物直隶总督李鸿章献瑞表，他也敢上书揭发李鸿章其人妄言妄为，不过是媚上取宠。

    边宝泉奏疏上后，不但得到百姓的一片叫好声，还得到了许多官员的鼎力支持。当时怀疑杨乃武案案情可疑的除了浙江籍官员如夏同善外，