，扑朔迷离，引来朝野瞩目。朝中不少大臣尤其是一些浙江籍京官开始密切关注此事。本来一桩单纯的刑事案件，终于因为有朝中官员的介入，而引入了错综复杂的党争背景。

    光绪元年（1875）四月二十四日，刑部给事中王书瑞（浙江长兴人）率先上疏弹劾浙江巡抚杨昌浚等人“复审重案，意存瞻徇”，指责浙江官员是有意拖延案情，目的就是要让杨乃武、小白菜二犯和相关证人不堪折磨，瘐死在大牢中，从而可以草率结案，维持原判，以利考成（指官吏的升迁降贬）。王书瑞还进一步分析了造成这一现象的深层原因，说是杨昌浚明显怀有私心，以致“明知事有冤抑，只以回护同官，碍难从实办理，不承审此案，现俱设法脱身。以致日久未能昭雪”，并指出如果继续拖延，只会给杨昌浚机会让他暗中布置杀杨乃武、小白菜等人灭口。

    这一奏疏言辞非常尖锐，矛头直指浙江巡抚杨昌浚。而且王书瑞奏疏上后，京官应者云集，纷纷紧跟着上书弹劾。杨昌浚一时间成为众矢之的，不得不上书为自己辩护，说决非有意迁延案情，实在是因恰逢封篆，又遇上国恤，兼有本省科考；又指出杨乃武、小白菜虽然翻供，但药铺老板“钱宝生”供词始终如一；杨乃武家人还多次到药铺闹事，胁迫“钱宝生”翻供。

    尽管如此，由于此案闹得朝野耸动、家喻户晓，受到的关注度实在太高，慈禧太后还是决定不理睬杨昌浚的辩护，派刚简放浙江学政的礼部侍郎胡瑞澜（湖北武昌人）就近复审，并严命杨昌浚好生看管犯人和证人，一旦有瘐毙发生，将给予严惩。这里特别要强调一句，杨昌浚（湖南湘乡人）是湘军的重要将领。关于湘军与中央朝廷的矛盾，《刺马案》中已经有明述。实际上，从政治力量开始介入杨乃武和小白菜案后，更为复杂的暗中角力就已经开始了。案情开始笼罩上一片阴霾。

    胡瑞澜是个典型的文官，其人以饱学闻名，所著传世的作品有《读史日抄馆课诗赋》、《湘帆杂咏》、《越吟草》、《星轺杂纪》、《星轺续纪》、《海槎日记》、《海槎续记》、《训士质言》、《教士申约》、《教士隅说》等。慈禧太后选中他，就是因为他在浙江当地很有些名望。这样学富五车的人来审案，结果应该能令人心服口服。不过胡瑞澜的名望完全是来自学术，他本人丝毫不谙刑名，所以当杨乃武得知新任审讯官是胡瑞澜时，知道翻案无望，在狱中自挽一联道：“举人变犯人，斯文扫地；学台充刑台，乃武归天。”

    杨乃武小白菜已经成为举国瞩目的疑案，胡瑞澜被钦命为主审官，受命于浪口峰尖，本人压力也相当大。而他一到杭州，浙江巡抚杨昌浚就派人来告知说：“此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，不然引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。”这实际上是一种威胁，既是说给胡瑞澜听的，也是说给朝廷听的。

    胡瑞澜看了几天卷宗，也看不出个所以然来。他也知道自己从没审理过案件，能耐实在有限，所以又临时选了宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森，候补知县顾德恒、龚世潼四人共同审理。特别要强调的是，这四人均由杨昌浚向胡瑞澜推荐，其中边葆诚和罗子森均是杨昌浚湖南同乡，边葆诚还是余杭知县刘锡彤的姻亲。胡瑞澜这位老夫子，办事堪称认真，但他一上来不是查看案件源头，而是抓住了杨乃武写的申诉状不放，所以这次复审从一开始就偏离了方向。

    经过紧锣密鼓的调查后，胡瑞澜发现杨乃武申诉状中有许多捏造的事实，正是前面所提到的，如小白菜与粮胥何春芳有奸情等等。甚至连之前长工王阿木冒名王廷南到都察院递交申诉材料都被胡瑞澜穷追猛打地挖了出来。在这样的情况下，胡瑞澜认为杨乃武有意欺瞒，一心要掩盖事实、销证灭迹，因而提审犯人过堂时，胡瑞澜命人对坚持翻供的杨乃武和小白菜