杂滋味，又是痛心，又是惭愧，又是不甘。他到达清江浦后，会见了新任漕运总督张兆栋，便刻意停留了几日。不久，张文祥被凌迟处死的消息传来。郑敦谨勃然变色，声称自己得了重病，要立即回老家长沙去养病，不能回京，只打发两名郎中代他回京交旨，并代他辞官。

    郑敦谨是以钦差大臣的身份出京，按照清制，不回京师交旨要重重治罪。两名郎中极力劝阻，却丝毫不得要领。追问郑敦谨辞官的原因，他只答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”这句话，正是当日曾国藩处理天津教案不当、招致朝野唾骂之时有感而发的话。

    当日，郑敦谨不计后果，坚持坐船回了长沙。他本是带着雄心壮志和朝野上下的殷殷期望而来，然而形势始终比人强，尽管他有“铁面无私”的美誉，却最终不得不无奈地屈服在形势下，唯一能做到的，便是满腔愤懑地离去。郑敦谨历有名绩，《清史稿》对此评论说：“江宁之狱，论者多谓未尽得其情，敦谨未复命，遽解官以去，其亦有所未慊于衷欤？”（《清史稿卷四百二十一》）

    慈禧太后知道郑敦谨离开后一度十分恼怒，自己派出去的人，只有去的，没有回来的，马新贻是一个，郑敦谨又是一个，这还像什么话。还是恭亲王奕？代为圆场，慈禧太后这才没有追究郑敦谨的责任。此后，郑敦谨始终不再出仕为官，孤灯衾影中，只剩下绵绵不尽的自惭与叹息，直至最后终老于乡里。

    郑敦谨的两个随员回到北京后，结局也令人困惑。满郎中伊勒通阿奉旨回乡，“给全俸”颐养余年；汉郎中颜士璋则被外放到兰州做替补知府，不久即回籍赋闲。

    颜士璋回到老家后，写了一本《南行日记》，记述了跟随郑敦谨赴江宁审案的全部过程。他的曾孙颜牧皋曾经看过这本日记，说其中白纸黑字地写着：“刺马案与湘军有关……刺马案背后有大人物主使。”

    当时也有不少人认为刺马案肯定与湘军有关。曾任江苏巡抚、湖广总督的郭柏荫对孙子郭公铎说：“张文祥行刺有幕后怂恿者，应是这一类人物，最初有意制造流言的，也是他们。”二话如出一辙——马新贻表面死于流浪汉张文祥之手，其实是死于湘军之嚣张气势。

    对于马新贻被刺的原因，李鸿章曾感叹说：“若七年秋不妄更动（指同治七年马新贻上任两江总督一事），或谷山（马新贻字）僻在海滨（马新贻原任闽浙总督），竟免斯厄。每读负乘致寇之语，不禁瞿然。江介伏莽最多，非极威重，不足销无形之隐匿也。”（《李文忠公全书》）大概的意思是说，马新贻接了本不该属于他的两江总督位置，这就是他必须死的原因。可谓一语道破了天机。

    而一度被怀疑是刺马案最大主谋的曾国藩则稳坐两江总督宝座，直到两年后死去。两江总督宝座从此长期掌握在湘军一系手中，其他人丝毫不敢染指问津。尽管曾国藩及其继任者最终并未割据分权，但“重地方、轻中央”政治局面的形成已经不可避免。

    自太平天国兴起，朝政大权逐渐落入汉人重臣之手，清廷的权威极大地被弱化。能令这些汉族重臣在朝中立身保命的并非所谓的盖世奇功，而是其手中直接或间接掌控的庞大的地方军事力量，曾国藩如此，李鸿章也是如此。湘军和淮军的出现确实挽救了岌岌可危的清王朝，令其统治多苟延残喘了几十年，但湘军、淮军首脑人物也借此进入了中央要津，开始左右政局，由此开近、现代军阀割据的源头。直到民国初，割据中国的军阀无不与湘军有着千丝万缕的渊源关系。

    无论马新贻被刺案有何重大背景来历，案发后的审讯调查过程和结局却充分彰显了中央皇权日益衰弱、政令不及地方的无可奈何。从始至终，刺马案的本质不过是清朝中央集权和地方军事集团的较量，而最后还是以朝廷的公开退让而告终。