关于刺马一案，张之万、魁玉、曾国藩、郑敦谨四位大员反复公开强调说：“毫无确供。”既然没有准确的口供，为什么明知不应为而为之，一定要用一篇漏洞百出的口供给张文祥定罪呢？

    之前慈禧太后对张之万和魁玉的奏结大加训斥，十分不满，等看到曾国藩几乎相同的奏结后，她终于明白了，刺马案不可能再弄清了，这口气必须得咽下去。她将不得不接受这一事实，以及稀里糊涂的审案结果。在慈禧太后的首肯下，朝廷终于发出了谕旨，正式肯定曾国藩、郑敦谨的奏结，以“张文祥潜通海盗图谋报复”定案。这份漏洞百出的奏结最终成为官方认可的定谳，现存于台北故宫博物院。

    同治十年（1871）二月十五日，曾国藩奉旨监斩，在江宁小营刑场将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。马新贻四弟马新祐为了增加张文祥的痛苦，特命刽子手用钩子钩肉，钩一下割一下，从上午九点到下午四点才割完。在残酷的处刑过程中，张文祥始终未出一言，视死如归，颇有英雄气概。他的名字却在史籍中被刻意改为“张汶祥”，“文”字加水，表示其江洋大盗的身份，有蔑视他的意思。

    受到牵连的还有不少人。张文祥的儿子张长福时年十二岁，也受到牵连，被阉割后发往新疆为奴。其女张宝珍、张秀珍因许嫁已定，并不知情，各归本夫。督标中军副将喻吉三因疏于防护，被革去提督衔，降二级调用。把总唐得金等人均因失职罪名被斥革。

    马新贻被运回山东菏泽老家安葬。对于他的身后事，朝廷也极尽隆重之能事——同治皇帝亲赐祭文、碑文；谥“端敏”；恩加太子太保，入贤良祠，以总督阵亡例议恤；在江宁、安庆、杭州、海塘、菏泽等地为其建造专祠，春秋官为之致祭。其子马毓桢加恩赏给主事，分刑部学习行走。如此生荣死哀，实为晚清督抚中前所未有的待遇。但无论如何，随着马毓桢扶柩离开，马氏在两江再没有任何势力。

    随后，曾国藩具折奏请为已故督臣马新贻于本籍建祠，奏折中称赞马新贻“家世谨厚，矜式乡闾。生平践履笃实，亦自卓然可传”。曾国藩为人谨慎，从不轻易褒贬人，对一个从来就没喜欢过的人，突然出这番赞语，实在叫人起疑。因为他和他的湘军是刺马案中唯一的受益者，因此也一度被怀疑是刺杀马新贻的主谋。

    空前绝后、轰动一时的刺马案以张文祥一人之死落下了帷幕，但流言反而愈演愈烈。朝野议论纷纷，均说刺马一案必定别有隐情，不能公宣于众。从始至终参加会审的孙衣言为马新贻写了一篇神道碑铭，里面写道：“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉！”公然指责结案太过草率，背后隐情尚未查清。

    孙衣言碑铭一出，舆论大哗。然而，即使是慈禧太后，此刻也无力回天。审案已经长达八个月之久，前后介入审讯的官员多达五十余位，依旧是最初模棱两可的结果，再追查下去，局面实在难以预料。只有息事宁人，才是最好的选择。

    最令人玩味的是刑部尚书郑敦谨的行为。他在张文祥未明正典刑之前，已经决意离开江宁，明显表示出对定谳结果的不满。曾国藩赠送他二百两白银作为路费，以曾之为人，这已经是很慷慨了，还特意声明这银子出自廉薪。不料郑敦谨一点都不念旧情，分文不取，银子全部退回。倒是随行的两名郎中伊勒通阿、颜士璋每人各自收了一百两银子。郑敦谨离开江宁之时，曾国藩率众地方官员到江边相送。从来喜怒不形于色的郑敦谨一改常态，愤然登船，头也不回地扬帆而去，只留给江宁人一个萧然而苍凉的背影。

    离开江宁后，郑敦谨的心绪并非就此平复下来，心头百般复