卢汉从重庆回昆后，虽公开表示拥蒋，大肆进行逮捕镇压活动，但已看出国民党将面临最后的崩溃，必须为自己留条后路。10月初，受解放军总部委派的周体仁第一次会见卢汉，向卢介绍北平解放的经过，用事实说明中国共产党的政策，消除卢汉的顾虑。10月中旬，卢汉再次约见周体仁，表示愿意起义。周体仁经过考察确信卢汉有起义的诚意后，才向卢表明他是受解放军总部委派返滇商谈局部和平问题的代表，并转达中共中央意见，云南起义的最好时机是解放军歼灭白崇禧、胡宗南两个集团军后，向云南进军之时。

    对“九九整肃”逮捕的人员，党组织布置卢汉身边的军盟成员向卢汉献计献策，慎重处理，防止毛人风借刀杀人，假手行凶：因此，当毛人凤拿着准备处决的200余人名单找卢汉批准时，卢表示杀的人太多，且证据不足，草率处理，难以服众。毛人凤为嫁祸于人，急于处理，将要杀的人一减再减，而卢汉则一再拖延。根据地下党的指示，为迎救被捕人员，有关人员向卢汉建议，经卢汉同意后，借口案情重大，证据不足，要组织军法会审，并报经蒋介石“同意照办”，电令沈醉将此案移交云南绥靖公署军法处组织军法会审。随即将逮捕关押人员集中到钱局街陆军监狱关押，由省府警卫营看管。

    直到11月3日国民党政府代总统李宗仁到昆，地下党发动地方上层人士李根源、周钟岳等向李请求释放“九九整肃”无辜被捕人员，卢汉则乘机利用蒋介石和李宗仁之间的矛盾，向李宗仁报告说：“九九整肃在押人员中，有的是社会贤达，有的是一般职工和青年学生，无辜被捕，应予从宽释放，才好安定人心。”李宗仁为了拉拢卢汉，收买人心，慨然允诺，11月15日电告卢汉“酌情从宽处理”。卢汉立即下令军法处：“奉李代总统命令，整肃所有被捕的人员罪证不足，准予一律释放，即日办毕具报”，11月28日全部被捕人员释放完毕。

    在释放杨青田时，卢汉委托吴少默告知杨青田，卢汉决心起义，请杨青田设法找中共联系。与此同时，党组织从“边纵”，派冯憬行到昆与宋一痕联系，宋告知冯：卢汉准备起义。市委书记陈盛年与副书记赖卫民研究，对卢汉决心起义一事要绝对保密，暂不向下传达，决定由杨青田告知卢汉，我们欢迎他起义，但起义时机待我方向上级请示。市委再次向边区党委和郑伯克报告，并决定由边区党委委员李雨枫于12月初向华南分局报告。“九九整肃”事件后，蒋介石嫡系除余程万所部26军驻滇南外，还有李弥的第8军已从川黔边、刘伯龙的第89军从黔桂边进入滇东，从江南退集滇东地区的宪兵达5个团，卢汉所属地方部队；也拟定了“防共计划”，驻昆明以东一线，声称为第8军第二道防线配备。

    卢汉亦已送家属赴港，为自己准备退路。昆明已成为蒋介石集团空运搬迁台湾、海南的中转站，市区充斥省外逃来的国民党政治难民，争相抢购飞机票外逃。蒋介石于11月中旬从台湾再次飞抵重庆，亲自督促国民党国防部，陆军总部等首脑机关搬迁昆明，要卢汉率政府迁往滇西，云南局势发生急剧变化：昆明市委审慎估计形势发展可能出现的几种情况：

    一是蒋介石集团控制昆明，卢汉被挟持或被迫迁往滇西；

    二是蒋军在昆明外围被歼或溃逃，卢汉亦被迫随之离昆，蒋特于溃逃时对昆明进行大破坏；

    三是卢汉在南下野战军和“边纵”，的军事支援和昆明地下党发动组织全市人民的支持配合下，不失时机果断起义，获得成功。

    我们应立足于在复杂严峻的形势下，依靠党领导、组织群众的力量，做好充分准备应付突然事变。市委要求各条战线，各部门地下党和外围组织抓紧做好工作。

    11月30日重庆解放，昆明人民盼望早日解放，国民党敌特