乾隆时期，土司的势力仍未从根本上铲除。苗蛮不断地滋事，不把朝廷派来的流官放在眼里。清代没有细分民族，笼统把没有统一头人的土民称为苗，头人割据一方的土民称之蛮，由于界限模糊，通常合称为苗蛮，另外还有苗裔、苗夷、苗彝等称谓。

    改土归流，恩威并重，敬酒不吃就罚酒。黔东南改土归流剿苗八百余，滇东北地区被杀的反抗苗蛮万余，幸存者多被斩手剁足。其实最难办的还是与缅甸接壤的滇西南地区，你剿他，他就躲到缅甸去，缅甸连前明的数万遗民都敢收留，还不敢收留几个土司？车里（在西双版纳）宣慰司刁维屏就逃到缅甸去，他名下的土民照常向他纳钱粮。朝廷革去他的从三品宣慰司，乾隆四十二年，着曾经被裁的老土司后代刁土宛复袭宣慰司。其实每个土司都不是省油的灯，加上中缅没有明确的边界，两地通婚普遍，像刁土宛的两个小老婆都是缅甸人。朝廷既要利用他们，又必须防他们。

    刁土宛首次来京师朝贡，乾隆皇帝不打算怠慢。云贵的土民不像江西、福建、广东、湖北的土民，人少势弱，头人来贡，随便打发就可以。刁土宛还在路上行走，皇上就叮嘱理藩院尚书恒泰租好一处园子供刁土宛下榻。恒泰向云南籍官员打听土民习俗，他们说滇南的土民喜欢泼水洗澡。为此，恒泰特意修了个大池子蓄水。

    乾隆晚年自诩“十全老人”，一辈子打了十大胜仗，故叫“十全武功”。后人评价，至少有一半战役“不全”。像大小金川之役，赢得叫人脸红。

    金川在今日川西，山高人稀，居住分散。土司的印信本来是朝廷册封赐予的，乾隆十一年，大金川土司莎罗奔夺取小金川土司泽旺的印信。这还得了！乾隆龙颜大怒，发兵痛剿。殊不知，在空气稀薄的高原，三万清军精兵打不过莎罗的千余士兵，皇上又派大将军岳钟琪率三万精兵去。莎罗奔授降，皇上赦免其死，仍做土司。这次战役，动用兵力七万五千，耗银两千万两。乾隆二十三年，大金川又侵占小金川的土地，对四川总督阿尔泰的劝告置若罔闻。乾隆再一次恼怒，派阿尔泰率九土司的兵力进剿。其后战事停停息息，各土司或联合，或火拼。朝廷先后出兵十二万五千余人，阵亡一万四千，其中死亡文武官员九百零八人，受伤者无计其数，调派民夫四十六万，耗银六千一百六十万两，相当于两年征收的国帑。

    战后，对擒获、授降、归顺的土司土民，按照朝廷恩威并重的方略处置，有的凌迟或斩首，有的发往内地，有的继续在原地做土司，有的还封官晋爵。军机大臣兼钦差阿桂对出勤出力或授降立功的土司和头人犒赏。梭磨土司协助清兵征战有功，由从五品安抚司升为从三品宣慰司。巴旺、布拉克底从征小金川有功，乾隆着巴旺掌管巴底安抚司印信，加赏布拉克底土司宣慰司之职。

    乾隆给阿桂下圣谕：“欲俟两金全定后，令各土司仿照回部伯克之例轮流入觐。使其扩充知识，得见天朝礼法。”朝觐的最终目的是让土司归顺臣服，朝廷并不看重你敬献了多少土货给皇上，皇上的回赠那才叫大手笔。会闹的孩子多吃奶，像粤、赣、闽、鄂等省的土著头人，祖祖辈辈服服帖帖，别说能得到丰厚的回赠，通常连进京朝觐的资格都没有。

    安抚司巴旺进京朝觐，自然会受到特别接待。满汉封疆大吏入觐，在京的吃住朝廷是不管的，巴旺是个从五品土官，享受了近乎藩邦使臣的待遇，连随从的吃喝拉撒全由理藩院包下。乾隆如此善待巴旺，是因为大小金川仍是朝廷的心腹之患，倘若哪一天又有土司闹事，朝廷希望多出几个鼎助清军的巴旺。

    乾隆的十全武功，最可称道的大概要数准部之役。乾隆十九年，准葛尔部（天山以北至中亚大片地区）为争夺汗位打了起来，败北的阿睦尔撒纳率两万军民归降，请求清廷出兵靖乱。清廷在阿睦尔撒纳的鼎助下平息