1996年，三株集团宣布完成销售额80亿元。自此，三株便患上了一种十分典型的“综合紊乱征”。

    这种“综合紊乱征”，表现为企业与政府、与传媒、与市场以及内部管理的种种不协调。以“利益共同体”为理念构筑起来的企业与政府的生物链是十分脆弱的，一旦在市场上出现或大或小的动荡，政府必然会以自我保护、规避嫌疑为前提而退出合作；三株与相当部分传媒的关系也是通过高额的广告投放来维系的，如果市场发生波动，广告款项一旦出现拖欠，一些传媒会立即“翻脸不认人”。而在市场方面，由于十多万人、数千个大大小小的指挥部在前线作战，种种夸大功效、无中生有、诋毁对手的事件频频发生，总部到最后已疲于奔命而无可奈何。单在1997年上半年，三株公司就因“虚假广告”等原因而遭到起诉十余起。吴炳新曾明文要求各地“带疗效的广告宣传倒给钱也不能干，我们这样做，等于给别人送炮弹来打我们”。可是，尽管三令五申，却已经无法转变近乎失控的市场局面。

    这种综合性、多方位的紊乱并发，其实与三株的经营思想、组织结构及公共关系的理念设定等等均有十分密切的关系，换而言之，其独特的思想、结构和理念促成了三株的暴发式的增长。可是到了某一阶段，它们又必然会对企业自身造成如此种种的反作用。

    在内部管理上，“恐龙结构”所带来的弊端尤为突出。到1997年，三株在地区一级的子公司就多达300多家，县级办事处2210个，乡镇一级的工作站则膨胀到了13500个，直接吸纳就业人员15万以上。

    看上去，三株的营销铁流浩浩荡荡，实际上却是机构重叠，人浮于事，互相扯皮，在下属机构甚至出现一部电话三个人管的怪现象。

    三株所崇尚的高度集权的管理体制造成了种种类似“国有企业病”的症状。为了统一协调全国市场，总部设计了十多种报表，以便及时掌握各个环节的动态。但具体到一个基层办事处，哪来那么多变化需要填，上面要报，下面就造假。在一次总结会上，吴炳新气愤地说：“现在有一种恶劣现象，临时工哄执行经理，执行经理哄经理，经理哄地区经理，最后哄到总部来了。吴炳杰（注：吴炳新的弟弟）到农村去看了看，结果气得中风了，实际情况跟向他汇报的根本是两回事，他在电话中对我说，不得了，尽哄人呀。”

    为了避免重蹈巨人、飞龙集团后期资金失控的覆辙，制止日益呈现的官僚主义、贪污和浪费现象，吴炳新可谓想尽办法。他对三株的全国营销网络实现了计算机联网，试图用现代化手段促成总部的“现场管理”。同时，他把三株各级机构的开户行确定为中国银行一家，以便借用金融网络监控资金走向。此外，他还在三株的西方化的组织框架中，注入了中国传统企业管理的某些精髓，诸如“鞍钢宪法”、“三老四严”、“四个一样”的“大庆经验”。他还建立了山东省第一家民营企业党委，借鉴毛泽东“把支部建在连上”的经验，在每个有党员的基层单位都设立了党支部，总部增设政治工作部，各级政治工作人员主要在部队转业干部中聘请。为反腐倡廉，三株公司一律不准买进口轿车，一律不准配女秘书。吴炳新还多次在企业内部开展“全员洗澡”、“三查三反”（自下而上和自上而下查、自我查、互相查，反对浪费、反对非组织活动、反对贪污受贿）、“一打五反”（严厉打击经济犯罪活动；反贪污，反腐败，反浪费，反非组织活动及反软、懒、散）等活动。然而，尽管吴炳新不断地亡羊补牢，仍未能力挽颓势。1997年，三株的全国销售额出现大幅度滑坡，比上年锐减10个亿。吴炳新在年终大会上做了一个他称之为“刮骨疗毒”的报告，痛陈三株“15大失误”，首度把三株危机曝光于天下。

    到这一年年底，