，清华大学的本科教学虽合并到联大，教学资源共享，但各大学的学术研究仍相对独立。特别是“特种研究事业”，是清华学术研究的一块金字招牌，也是体现清华社会价值的一个重要标志。梅贻琦长校之初就说：“凡一大学之使命有二：一曰学生之训练，一曰学术之研究。清华为完成此使命，其发展之途径不徒限于有效之教学，且当致力于研究事业之提倡。此在学术落后之吾国，盖为更不可绥之工作。”由此可见学术研究在他心目中的地位。基于这样的情势，清华大学的特种研究事业就像梅贻琦手里的一支奇兵，而引领这支劲旅的人则定是不负众望的人。

    梅贻琦再次想到了留守北方多时的叶企孙。

    于是，叶企孙披挂上马，就任清华大学特种事业研究所委员会主席，委员有梅贻琦、陈岱孙、施嘉炀、李继侗、李辑祥、戴芳澜、庄前鼎、任之恭、吴有训、陈达等共11人。

    1939年1月7日，叶企孙以研究所委员会主席的身份出席清华第二十次校务会议，这是叶企孙到西南联大后的第一次正式亮相。梅贻琦开会伊始便宣布：“加聘本校研究所委员会主席叶企孙先生出席校务会议。”当时参加校务会议者有梅贻琦（校长）、潘光旦（教务长）、冯友兰（文学院院长）、吴有训（理学院院长）、陈岱孙（法学院院长）、施嘉炀（工学院院长）、沈履（秘书长）、张子高（特约报告人），加上叶企孙共9人，他们可谓清华的灵魂人物，一直左右着战时清华这条船的航向。

    叶企孙就任特种研究所委员会主席时，各研究所研究项目和规模如下：

    航空研究所：与航空学校、航空机械学校合作，研究飞机构造、飞机材料实验、风洞实验、航空气象各问题。（民国）二十五年度曾在南昌经航委会之补助下，建造了一15英尺直径之风洞，最近拟在昆明再造一5英尺风洞，以资实验。

    无线电研究所：与资源委员会合作，注重各种真空之制造与测量，短波无线电之设计，短波军用无线电机，秘密军用无线电话之研究，及专门电讯人才之训练等。

    金属研究所：与资源委员会合作，注重以x光研究金属及合金之质性及微观结构，以辅助国家工业机关解决所用钢铁及其他金属质料各问题。

    农业研究所：与中央农业实验所及其他农机机关合作，注重滇省及其临近区域农产品之病虫害问题及对植物生理之研究、以农产品制取国防所需原料问题。

    国情普查研究所：国情普查，平时与战时同属切要之举。但其问题，至为复杂。该所拟先在滇省择一区域，作实际之研究，以期于普查之表格、统计之方法及各普查人才之训练各问题，于相当期间有所贡献。

    从这些研究所的主要任务便可以看出，它们不仅仅是纯粹的学术研究机构，而且还与当时中国的战时情况密不可分。这正是叶企孙所期望的。从支援冀中抗日开始，他就对中国国防建设的薄弱深感忧虑。如果能培养出更多的国防人才，研究出更高更新的国之利器，那中国的希望岂不更大？所以叶企孙接手这个特种研究所后，马上把目光转移到了国防研究上面。他要在自己的有生之年为国家做些事情。用现在的眼光看当年的特种研究所，可以这样说，它其实就是中国最早的军事科研基地，而叶企孙无疑是这个基地的创始人。

    以无线电研究所为例。世界上最早体现出无线电实用价值的是20世纪20年代美国的匹兹堡广播电台。也许是当时在美国留学的叶企孙早就发现了其中的奥秘，也许叶企孙真的是先知先觉，1933年，当叶企孙主持他的第一届留美招考的时候，他就毫不迟疑地开设了仪器和真空管制造门两个名额，以期有朝一日中国也能赶上世界的潮流。

    这是叶企孙为中国打开的又一扇大门。

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