议卢循退据寻阳，伺机取荆州，再寻取机会掉头进攻建康。

    自此，卢、徐两人转攻为退，厄运也就开始了。刘裕一面率军追赶，一面派沈田子等人率水军走水道绕海直袭番禺。

    卢道覆集三万贼兵攻江陵，为荆州刺史刘道规打得大败，“单舸走还盆口”（九江附近）。不久，晋将孙处等人乘大雾突袭番禺，一天即攻克卢循老巢。沈田子等人也各率兵士，伺机攻灭岭南的邪教残余势力。

    安帝义熙六年（410）底，刘裕集大军于大雷（今安徽望江），“卢循、徐道覆率众数万塞江而下，前后莫见舳舻之际”。面对敌人最后的疯狂，刘裕派出轻装小船，满载引火之物，同时，他下令晋军用劲弩猛射敌军，待敌船聚泊西岸时，晋军岸上、小船上的兵士齐投沾满油的火炬，致使贼军船舰着火，烟焰涨天，随即大溃，投水淹死者就有上万人之多。

    卢、徐二人逃回寻阳后，欲奔豫章，便在左里（今江西都昌左蠡山）下栅，欲阻止晋军前进。左里之战，刘裕又大胜，晋军杀贼过万。至此，徐道覆逃返始兴，卢循往番禺方向奔返。

    公元411年2月，晋将刘藩等人攻克始兴，斩徐道覆。4月，卢循率残军逃回番禺，又把孙处等数千晋军包围在内。带兵在岭南一带攻伐的晋将沈田子等人一合计，认为番禺是卢循老巢，怕城内人里应外合，便一齐回军，反包围了正在攻城的卢循。内外夹击之下，卢循大败，死数万余人，狼狈逃走，一路连连败绩，最后跑到交州附近（今越南北宁），与当地起兵反晋的俚、僚等蛮人合兵，进攻东晋交州刺史杜慧度。

    杜慧度身处僻州，尽散家财以赏军士。晋军先在岸上向卢循舟船扔火把，然后又在两岸夹射浑身是火、四下奔逃的贼兵。

    坐在华丽的指挥大船上，卢循自知此次难逃一死，便先用毒酒把自己的妻子、儿女十多人尽数毒死。然后，他把数十位貌美的姫妾召至座前，问：“我今将自杀，谁能和我一起死？”

    眼见大势已去，诸位美女皆表示：“雀鼠尚且偷生苟活，从死实在太难！”只有两三个死心眼的，低声言道：“官人欲死，我们也不愿活着。”

    “考试”完毕，卢循让那两三个愿死的美女出舱，放她们一条生路。接着，他抬出大酒一缸，尽数毒死了那些不愿与他一起同死的美女。怔忡片刻，望着满船的美女尸体，卢循攀上船头，赴水而死。

    杜慧度得胜后，又杀掉卢循老父。找到卢循尸身，再把首级割下，用小箱子精致包装，送京师邀功。

    至此，卢循、徐道覆折腾一年多，功败垂成，最终为刘裕所平灭。算上孙恩，“五斗米教”折腾了达十一年多，严重削弱了东晋的政权元气。虽然最终邪教被扑灭，东晋的国祚也差不多走到了尽头。同时，孙恩、卢循之乱，对王、谢这样的东晋世家大族也打击极大，子弟纷纷被杀不说，经济方面也遭受了巨大的损失，丧失田产家财无数。同时，随着他们力量的削弱，刘裕为代表的寒人阶级因军功不断窜上政权第一线，大族世家渐渐从主角变成了配角，混得好一点儿的，也只能给将军们当当师爷和谋士了。

    殊勋如此，晋廷授刘裕太尉、中书监，军权、政权，齐集一人之手。面对当时豪强横行、广行兼并的现象，刘裕大行惩戒，严肃纲纪，诛杀藏匿亡命的豪族之士多人，致使“豪强肃然，远近知禁”。