不决和内部的争斗，1968年秋季学期开始前几个星期，加州大学圣地亚哥分校终于决定再聘用鲍林一年。事情已非常明显，再要超过一年几乎是不可能的，因此，鲍林开始另谋出路了。他的老朋友比德尔曾经主动要求他去芝加哥大学任教，他也曾考虑过接受这一邀请，但最后还是谢绝了，他的家在加利福尼亚州。

    他终于作出了决定。1969年2月，鲍林正式宣布，他将在学年结束以后离开圣地亚哥。他说，他的目的地是斯坦福大学，他已接受该校的邀请，担任化学系的顾问教授。

    1969年5月，成百上千名圣地亚哥分校的学生，聚集在学校体育馆，哀掉一位伯克利分校的学生。在人民公园发生的一次冲突中，这名学生被警察开枪杀害了。集会上，争论的焦点是，要不要举行罢课，让学校关门。

    有些教职工呼吁采取温和克制的态度，此时，鲍林来到了会场。他那激昂慷慨的声音，爱憎分明的态度，与他以前在反对核试验发表演说时完全一样。他对与会的学生们说，伯克利枪杀事件是美国式军国主义、经济剥削和无视人权的又一实例，这类现象在越南还在不断地上演。“罢工和罢课是被压迫和被剥削人民表达自己反对压迫和剥削的一种方式，”他厉声说道，所用的言辞也愈来愈激烈。“在整个加利福尼亚大学，每一个人，每一位同学，每一位老师，每一位职工，都应当站出来，与伯克利事件所显示的不道德的非正义行径作斗争。”

    这也算是他向加州大学校务委员们说声再见的一种方式。

    在许多方面，斯坦福大学的情况要好得多。不说别的事，帕罗·阿尔托离开他的大苏尔牧场就要近得多。他和爱娃频繁地往返两地之间就不再那么费事了。化学系的老师对他的加盟也感到非常高兴。在私立学校里，退休年龄不再是一个问题，他再也碰不到与校务委员们磨擦的麻烦。再说，旧金山地区的政治气候还是比较平和的。

    但是，出于经济方面的考虑，鲍林不得不与他人达成一笔交易，就是从自己的工资中拿出一半的钱，再加上得到的全部资助，用来支付有关人员的工资。一年之后，工资就根本没有保证了。仅有的实验场地又很小，而且与化学系主楼是分开的。

    鲍林心里想，关于分子矫正的项目一旦能得到资助，情况就会有好转。他和爱娃在帕多拉谷地，离校园5英里的山区，找到了一所外表朴实但还算比较舒适的房子，房子里有一座用石块建造起来的大火炉，配上用天然木料制成的家具，一切与他们在帕萨迪纳的老房子还是比较相像的。

    他想，这下他也许可以结束飘泊不定的岁月，真正安顿下来，在科研上做一点重要的工作了。