大臣左宗棠奏言：“今日之事势，以海防为要图，而闽省之筹防，以台湾为重地。台虽设有镇道，一切政事，必禀承督抚，重洋悬隔，文报往来，平时且不免稽迟，有事则更虞梗塞。如前次法人之变，海道不通，诸多阻碍，其已事也。臣查同、光之交，前办理台防大臣沈葆桢躬历全台，深维利害，曾有移驻巡抚十二便之疏，比经吏部议准在案。嗣与督臣李鹤年、巡抚王凯泰仍以巡抚兼顾两地覆奏。光绪二年，侍郎袁葆恒请将福建巡抚改为台湾巡抚，其福建全省事宜，专归总督办理。部议以沈葆桢原奏，台湾别建一省，苦于器局未成，彼此相依，不能离而为二，未克奉旨允行。厥后抚臣丁日昌以冬春驻台，夏秋驻省，往来不便，因有专简重臣督办数年之请。臣合观前后奏摺，督抚大臣谋虑虽周，未免各存意见。盖王凯泰因该地瘴疠时行，心怀畏却，故沈葆桢循其意，而改为分驻之议。丁日昌所请重臣督办，亦非久远之图，皆不如袁葆恒事外旁观，识议较为切当。夫台虽系岛屿，绵亘亦一千余里，旧制设官之地，只海滨三分之一，每年物产关税，较之广西、贵州等省，有盈无绌。倘抚番之政，果能切实推行，自然之利，不为因循废弃，居然海外一大都会也。且以形势言，孤峙大洋，为七省门户，关系全局，甚非浅鲜。其中如讲求军备，整顿吏治，培养风气，疏浚利源，在在均关紧要，非有重臣以专驻之，则办理必有棘手。以臣愚见，惟有如袁葆恒所请，将福建巡抚改为台湾巡抚，所有台、澎一切应办事宜，概归该抚经理，庶事有专责，于台防善后大有裨益。至该地产米甚富，内地本属相需，若协济饷项，各省尚通有无，亦万无不为筹解之理。委用官员，请照江苏成例，各官到闽之后，量缺多少，签分发往。学政事宜，并归巡抚兼管。勘转命案，即归台湾道就近办理。其余一切建置分隶各部之政，从前已有成议，毋庸更张，专候谕旨定案，即饬次第举行。”当是时，内外臣工条陈台湾善后者，凡十数起。而贵州按察使司李元度亦请以福建巡抚专驻台湾，兼理学政，且言军中所需军火炮械，均须在台设局，制造存储，不得如前仰给福建，致有隔绝之患。夫日本距台甚迩，日本疆圉略如台湾，而历朝以来，倔强自立，近且并琉球，乱朝鲜，改从西洋制度，俨然自居于列强之间。夫日本之财力，皆取之国中，非别有转输也，而游刃有余，可以富庶。台湾地大物博，百利未兴，若能经理得人，需以岁月，何遽不如日本哉。夫强弱无异民，不善用之则弱，能善用之则强。应请简任巡抚，镇道久任而责成之，辟土地，课农桑，征赋税，修武备，则七省之藩篱永固，而台湾可无害矣。旨下军机大臣、总理各国事务王大臣、六部、九卿会同各省督抚议奏。九月初五日，军机大臣臣醇亲王奕譞、总理各国事务大臣臣庆亲王奕劻、大学士臣世铎、臣额抑和布、臣阎敬铭、臣张之万、北洋通商大臣臣李鸿章等奏言：“臣等查台湾为南洋枢要，延袤千余里，民物繁富。通商以后，今昔情形，迥然不同，宜有大员驻扎控制。若以福建巡抚改为台湾巡抚，以专责成，似属相宜，恭候钦定。如蒙俞允，所有一切事宜，应由该督抚详细酌议，奏明办理。”诏曰可。于是设台湾巡抚，建省会于下桥仔头庄，以控制南北。设台湾府，领县四，附郭曰台湾，新设云林、苗栗二县，改台湾府为台南府，台湾县为安平县。升台东厅为直隶州，凡三府、一州、三厅、十一县，以铭传为巡抚。廷议以台湾南北袤延甚远，拟设台北道以分管理。铭传奏复：“添设台北道，不如添设藩司。”诏曰可，于是以沈应奎为台湾布政使，而兵备道仍兼按察使，又以澎湖为闽、台门户，非设重镇，不足以资控制，诏以澎湖副将与海坛镇对调，台湾镇总兵销去挂印二字，均归巡抚节制。十二年，设督办台湾抚垦大臣，以在籍太仆寺正卿林维源为帮办，兼团练大臣。铭传具干才，大兴新政，筑铁路，通航运，办清赋，