到昆明后，袁震之妹赴延安中共大本营受训，姐妹间的通信大多由住在重庆八路军办事处的董必武转递，吴晗仍继续接受着两姐妹的谆谆教诲。1940年，西南联大为避免敌机轰炸，在四川叙永成立了分校，吴晗受命赴分校执教中国通史。当时吴颇不情愿弃昆明远赴四川小城叙永，无奈此时他刚从云大转入联大任副教授不久，尚无资格与资深教授特别是刘文典一类人中豪杰相抗衡，只好硬着头皮携病妻袁震前往。因袁震的身体状况不能乘汽车翻越山高路险的乌蒙山区，只能乘坐飞机，而来回的机票却不能在联大报销，只能自己掏腰包。如此一折腾，便弄了个倾家荡产，生活陷入困顿。到了叙永之后，情况更加不妙，吴晗在《自传》中所说：“薪资收入伪法币数字逐渐增加，币值却逐天减少，生活越发过不去了。袁震又经常生病，躺着不能起床，住在乡下，上课来回走四十里。有一次袁震必须入医院治疗，可是（家中）什么也没有卖的，凑不出钱，感慨得很。”因为这种感慨，他开始心情烦躁，饭食难进，对国民党政权由不满发展到痛恨。学生们明显地看到，他讲课时很容易激动，抓住某一题目就指桑骂槐，将一腔怨恨发泄到蒋介石及其统治集团身上，并“开始参加一些政治性的社会活动，走出书屋，进入社会了”。

    随着叙永分校撤销，1941年9月，吴晗携妻回到了昆明联大本部。在回昆明时，吴氏夫妇专门绕道重庆，看望了董必武。吴过去虽未见过董氏，但早已通过袁震与董有过多次书信往来，并建立了感情。见面后，吴向董透露了昆明和西南联大本部以及叙永分校师生的思想动向和政治倾向，董向吴氏夫妇讲了一些抗战形势与延安的秘闻。董、吴这次会见，在思想和心理上为吴晗成为一名“斗士”注入了催化剂，而这个催化剂一旦遇到相生的另一种原料，就会像核裂变一样发生快速反应。并将巨大的能量释放于指定的地点和场所。

    当然，吴晗肚中的核反应堆真正发生裂变还要等上一段时间，正如奥地利作家斯蒂芬·茨威格所说：“所有那些最重要的历史性时刻，都需要有酝酿的时间，每一桩真正的事件都需要有一个发展过程。”因从叙永绕重庆再到昆明，回到联大校本部的吴晗一家算是彻底坠入了赤贫阶层，此段生活令吴氏一直耿耿于怀，自己“一面教书，一面写书，一面还干家务，照料病人——我的妻，在闹柴米、油盐、扫地、炒菜、洗碗的时候，还得和学生和朋友谈话，讨论问题。”同闻一多一样，为了凑钱给袁震治病，吴晗忍痛把仅存的几本线装书全部卖给了联大图书馆，身上常年穿的是长衫一袭，破皮鞋一双，吸着从昆明地摊上买来的手工土制香烟，此种尴尬情状，吴晗不止一次地说过：“身份早已没有了，穿得破破烂烂，除了自己的学生，谁都以为你是个难民。”

    正当吴晗作为一个“难民”踯躅昆明的十字街头，停杯投箸不能食，拔剑四顾心茫然的关键时刻，中共派出的地下代表化装打扮悄悄地进村了，这便是吴晗后来所说的“政治来过问我了”。

    1943年，中共高层领导人周恩来、董必武派南方局负责人华岗、周新民等人到昆明做龙云的统战工作。华岗化名林光侯，由云南籍的民盟负责人楚图南出面向云南大学推荐，担任云大社会学教授。

    周新民的公开身份是民盟成员，在昆明市民盟负责组织方面的事务。此前，民盟云南方面的负责人罗隆基到重庆，向中共提出两党派之间相互联系的愿望，中共重庆办事处乃让罗回昆与华岗接头具体协商。于是，罗隆基与华岗商量后，除了做龙云的统战工作，又把触角伸到了西南联大、云大等高校，开始有意识地与高级知识分子接触。华岗一到昆明，就筹划成立了一个“西南文化研究会”的组织，开始招募与传统派有别的另类知识分子参加，当时在西南联大任教的潘光旦、曾昭抡、闻一多、吴