傅斯年访问延安时还不明就里，并有些糊涂地以老前辈和导师的双重身份，劝其回李庄的史语所继续从事学术研究，并认为在延安那块黄土高坡上白白浪费生命，断送学术前途云云。想不到当年孙悟空大闹天宫的口号再度现世：皇帝轮流做，明年到我家。当1948年底，傅斯年仓皇出逃台湾，而尹达走出陕北那座黑糊糊的寒窑，梳洗打扮，骑着高头大马，在初升的太阳照耀下，金光闪烁地随解放大军浩浩荡荡席卷中原大地，继而入主北平城的时候，就大不一样了。此举可不是后来电影里上演的“我胡汉三回来了”那样风光一时，称雄一刻。胡汉三是地主流氓演变而成的“还乡团”首领，是被革命者打倒的对象，当然没法与真正的革命者相提并论，也不应该相提并论。尹达与他那些山沟里摸爬滚打的难兄难弟们，这次是真的“回来了”，且实实在在地掌握了政权，控制了局势，当家做了主人。而成了人民主人的尹达，也由当年的小尹一下子变成了老尹同志，再后来就成了尹老或尹老夫子。当他成为“中央文革小组”成员的时候，所担任的两个重要职务分别是中国科学院历史研究所实际主持工作的副所长和中国科学院考古研究所所长。

    由于历史的渊源和职务的关系，自尹达主持中科院历史研究所工作始，就与吴晗、邓拓有过合作并成为要好的朋友。不仅与吴晗一起负责组织《中国历史地图集》绘制工作，还与邓拓一起负责筹建中国历史博物馆。关于尹与吴的关系，从中国社科院历史所研究员王春瑜的回忆中可知一二，王说：“我读大学时，就已知道尹达先生。我学的是历史专业，上中国古代史课时，读过他的《中国新石器时代》，后来也知道他主持历史研究所工作，是中国史学界的领导者之一。大概是1961年秋，我在复旦历史系读研究生，参加上海史学会的一项活动，听吴晗先生、尹达先生演讲。这二位前辈都给我留下深刻印象。吴晗先生坦诚地说：‘这次我与尹达同志去伊拉克参加巴格达建城1800周年纪念活动，但我们找来找去，国内竟未找到一个对巴格达历史有研究的学者，只好请了一位学者，写了一篇中国人民与伊拉克人民在历史上的友好往来的文章，到会上去宣读，文不对题，我感到很惭愧。’尹达先生赶忙插话说：‘吴晗同志当了北京市副市长，做了父母官，哪还有时间研究历史？该检讨的是我，我没有搞好历史所。’吴晗先生连连摆手，说：‘尹达同志不必检讨。’二老在会上一唱一和，谈笑风生，毫无名人架势，亦无学者派头。尹达先生留个平头，表面看去，很像是商业局或别的什么局的老干部，很难一下子与历史学家画上等号。”

    但是，当“文化革命”风暴席卷而来的时候，就大不相同了。尹达以历史所为阵地，组织了一个“史绍宾”写作组，以中国史学界的“哨兵”自居，专门揪斗失势或正在失势或即将发霉运的知识分子。一时间，整个史学界烟雾升腾，鸡飞狗跳，牛鬼蛇神一个个被揪了出来，在各种媒体和会议上遭到口诛笔伐，游行示众。当年以中共老资格自居，号称战功赫赫的翦伯赞、范文澜辈很快失势倒台，成为“史绍宾”揪查批斗的对象。继而吴晗的《海瑞罢官》案发，“史绍宾”更是凭着敏感的政治嗅觉，以比雪山飞狐还要快的速度蹿上前来，给予吴晗迎面痛击。

    一连串出色的表现与战功，立即引起了毛泽东的关注和重视，毛在杭州召开的政治局会议上说：“现在史学界的翦伯赞、范文澜都不行了，有个尹达，是赵毅敏的弟弟，文章写得好（按：大意如此）。”示意各色大员把翦伯赞、范文澜辈踹出圈外，重新提拔重用像尹达这样能耳听八面，长着火眼金睛的革命新锐和红色哨兵。毛泽东的话很快传到历史所尹达的耳中，“尹哨兵”闻听狂喜，按捺不住心中的激动，在所内大会上发表了慷慨激昂的演说，宣称中科院历史所是保卫毛主席、保卫党中央