到崇祯元年五月，朱由检亲自主持选拔了4批共132个给事中、御史。这些新进言官除个别人依附魏忠贤，此外，皆是与魏党无关联之人。他们以清除魏党为己任，言路渐趋清明，思宗因此了解到更多的真实情况。对被魏忠贤害死、削夺的官员，该平反的平反，该起用的起用。

    但思宗这时也犯了一个大错。原来，袁崇焕出关后，整顿兵马，修缮城池，使山海关一线的防务稳定下来，金帝皇太极一看在山海关无机可趁，决定从别处入关，一者骚扰内地，再者找机会设计除掉袁崇焕，去掉这一危险对手。

    崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金10数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于通州。但金兵绕开袁崇焕，直扑北京。

    面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，思宗心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了颗悬着的心。他任命大将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻。思宗为此召见了袁崇焕，他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向思宗表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，思宗中了皇太极的反间计。

    皇太极曾在北京城下俘获两个太监，他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京。故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到宫内便把这个消息报告了思宗。本来思宗对袁已心中有气，倡言5年复辽击贩金兵，现在辽东未复却把金兵引到了家门口，听太监一说，心中不免起疑，袁是不是与金真有勾结？思宗越想越觉得有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，金兵才退出关外。

    后金兵退走后，思宗愈感袁崇焕有负他的厚望，怒气难消，于是下令将袁崇焕凌迟处死，从而自毁了长城。

    二、镇压起义损兵折将

    明末农民起义军自天启中期大规模爆发后，规模越来越大。在袁崇焕出关抗御清兵，边防形势好转后，崇祯任命洪承畴任三边总督，加紧了对农民军的镇压，陕西义军王嘉胤、张献忠、李自成、罗汝才等部在明军的压力下先后离开了陕西，东渡黄河、进入山西。山西饥民群起响应，全省震动。洪承畴迅速派悍将曹文诏、马科、曹变蛟等人统兵追入山西。起义军闻讯东越太行进入畿辅平原地带，所向披靡，直接威胁到京师的安全。为解畿南之危，明廷调集大军3万余人，在崇祯六年（公元1633年）冬天，将义军包围在豫北。为了摆脱困境，起义军诈降明廷，使明军停止了进攻。待十月底，黄河结冰，义军遂出其不意溃围而出，南渡黄河进入中原，分道直扑安徽、湖广、四川。农民起义从局部问题变成了明廷的心腹之患。

    怎么对付这种形势，思宗一筹莫展。大臣们提出，农民军之所以没有被消灭于畿南就是因为事权不一，明军各自为战、步调不一致，各怀观望，不肯用命。建议朝廷设立总督，统一指挥。思宗同意这个意见。可是，这个总督让谁当呢？洪承畴这时已调防辽东肩负边防重任，“未可轻易”。过了数月，有人推荐了延绥巡抚陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，总办剿灭义军军事。

    崇祯七年（公元1634年），陈奇瑜集中各路明军在湖北打了几个胜仗，将义军赶回陕西。义军在向陕西退却的路上误入汉中栈道险区