祖则通过定军籍，建都府，解重兵，削夺了诸王草原领地的军权。中统三年，为换取宗藩的支持，世祖曾允许诸王领有留居草原领地的蒙古军户。元政权稳固之后，世祖对诸王位下军户的政策遂转强硬。至元八年规定：对领地上的蒙古军户，枢密院有权收系编入军籍。渐渐地，诸王已无力构成对中央政权的军事威胁了。

    削夺领地司法权也是世祖削藩的一个重要内容。中统二年（公元1261年），元廷禁止诸王私自断决民间狱案，杜绝诸王滥刑扰民。领地内的重要案件需监察官介入审理，即使是诸王位下的人命案往往也由元廷裁定。这样，诸王领地的司法权也不复独立存在了。同时，世祖又从税收、领民关系、食邑官任命等方面，削夺诸王在食邑的实力基础。至元初年，元廷将数额增加一倍的五户丝改由路总管征集，中书省关支。后五户丝户的仓银逐步收归朝廷。

    世祖上述的一系列削藩措施，加之在削藩过程中借平叛之机先后肢解了几个势力雄厚的诸王领地，就逐渐使诸王食邑特权仅限于享用五户丝和荐举达鲁花赤等方面，诸王对中央集权的威胁大大地减轻了。

    汉人世侯是蒙古南下征讨过程中所形成的割据势力。蒙古统治者要在中原地区建立长久的统治，就不能不依靠中原地主阶级的支持。成吉思汗时就较为注意网罗对自己有用的统治人才。木华黎时更注意争取汉人地主武装，凡纳土归降者，即命为当地长官，仿照金制授予诸如行省、领省、都元帅、副元帅以至州尹、县令之类。而且按照漠北制度，所命之官均许世袭。汉人地主武装头目逐步掌握了蒙古统治区的地方政权，在管辖境内，既统兵，又管民，可以自己任命下属官吏，征收赋税，处理刑狱，而且父死子继，兄终弟及，专制一方。其中势力最大的有西京刘黑马、真定史天泽、顺天张柔、东平严实、济南张荣、益都李璮等，各操重兵数万，占地方圆二三千里，俨然春秋时的诸侯，唐代的藩镇，当时通常称他们为“世侯”。这些“世侯”渐渐形成了与中央集权的离心力，构成了对元廷统治的严重威胁。中统三年二月初三，李澶乘世祖发动争夺汗位的战争之机，发动了军事叛乱，后被打败。东平万户严忠范、真定万户史天泽没有依例将被俘的李璮献给忽必烈，而是擅自将其肢解枭首示众。

    李璮的叛乱虽然失败了，但它却加剧了蒙古贵族对汉人的疑惧心理。世祖借机迫使汉人世侯交出实权和军权。史天泽首先带头交出兵权，以表示对世祖的忠诚，其他汉族世侯纷纷效仿；世祖则对史天泽等擅杀李璮之事置之不问。世祖又因势利导，采取了一系列的措施：解除除真定董氏之外地方军阀的兵权；严格执行地方兵、民分治制度；废除诸侯世袭，实行迁转法；置万户府监战，选宿卫士监督汉军；实行易将制，使将不擅兵；取消汉人官僚的封邑。这些措施的实行，彻底削除了汉人世侯的势力，使中央集权大大地牢固起来。

    世祖确定了“以农桑为急务”的施政方针，在全国范围内采取一系列恢复与发展农业生产的措施。首先，设立了从中央到地方的各级专管农业生产的机构。中统二年，设立劝农司，以姚枢为大司农，并向数州委派了劝农使。至元七年（公元1270年），设立大司农司，任命了一批巡行劝农使。同时，在大都、上都及各地设置了许多营田提举司、屯田总管府、农政院、劝农管田司等行政机构，管理屯田与农桑事务。其次，限制牧场侵占农田，禁止牲畜损坏庄稼。再次，实行屯田。历经长期的战争浩劫，由于人民大量逃亡，使不少地方人烟稀少，土地大量荒芜，针对这种情况，忽必烈大力推行屯田政策，利用镇戍军士开荒屯田和募民实边屯田。元初屯田政策的实施，开垦了大量长期荒芜的土地，减轻了人民负担，对恢复和发展农业生产起到了积极的作用。第四，加强、完善水利、农具和农业生产技术