受一个不得寿终的名声，凡属臣了，于心何忍？”这本是一个理直气壮的回击，足以使那些气势汹汹的言官望而却步。谁知这个回击非但没有奏效，反而如同火上浇油，使追查的声势形成了一股狂流。先前弹劾他的还只是些言官，现在连不少大臣也挺身而出了，先前的奏本还只是“犹抱琵琶半遮面”，以隐指为主，现在干脆指名点姓地骂起来了。更有甚者，有的奏本还翻起了老账，把方从哲依附郑贵妃的丑事都抖露出来了，最后终于导致了孙慎行、邹元标的奏本……秋风起了，宫院中落叶满径，寒气从门缝、窗缝中钻进来，使人遍体生凉。方从哲此刻连心里都是凉的，他感到再也无力抵挡这些严厉的切责了，想不到居官一世处处仔细，苦心钻营，竟落了个“弑君”的罪名。事到如今要想保全身家性命，只有一条路，那就是上疏请求归隐。方从哲思来想去，终于选定了这个退身之计。他写了一道很长的奏本，一面仔细为自己辩解，一面十分诚恳地提出了退隐的要求。

    方从哲奏本递上去不到十天，天启皇帝的批准谕旨就下来了。十一月初，这位执政八年之久的老臣，在萧瑟的秋风中，凄然地离开了京城。卢沟桥的长亭前，芦荻萧萧，落日斜映，断鸿声声，一派肃杀景象。方从哲举起酒杯，对前来送行的几位幕僚发泄了一番感叹。一阵寒风卷来，他那花白的胡须在风中飘洒，越显凄然，以至送行的幕僚都落下了伤心的眼泪。方从哲走了，在荒草侵径的小路上，在乱云与荒草接壤的天尽头，在落叶飘零的秋风中，孤独地走着一个被从统治集团中倾轧出来的失败者，但是悲剧并没有到此结束……就在方从哲离京后不久，又一批严查红丸案内幕的奏折送到天启皇帝的案头。这位十六岁的少年皇帝一生也算是充满坎坷了，还在幼年时节，自己的生母就因被人殴打而病死，而父亲一直得不到万历皇祖的信任，几次差点被废掉皇太子的称号。好容易登上了皇帝的宝座，却又大病缠身，如今又突然不明不白地死去，这使他心中蕴蓄着一股报仇的情感。方从哲恰好成了他发泄仇恨的对象。所以当方从哲乞归的奏本上来后，他一点也不留恋地准了本，而现在群臣并没有因为方从哲的被贬而停止对他的攻讦，就更使天启帝觉得方从哲逃不脱弑君的罪名了。但碍于从哲乃是三世老臣，一时不好给予过重的处置，所以天启将这些奏书都留中不发，以观动静。这天上午，天启皇帝正在群臣的奏折中寻找指控方从哲的本子，却忽视发现一个非常熟悉的字体，仔细看来，却是方从哲从致仕的老家发来的。奏疏写得很恳切，疏中说：“离京后无时不注目朝廷，知道群臣还在先皇考殡天事上纠缠不休，自己年老愚昧，未能阻止庸官进药，罪不容诛。为表示谢罪，愿乞削去官阶，以老髦之身远流边疆，以平朝臣之怨。”看罢奏折天启又有点同情起这位老臣来了，就把原疏发内阁度议。他没有想到，这正是远在江南的方从哲希望他做的。

    在处理红丸案的过程中，方从哲是走一步错一步，只有这最后一道奏疏算是走对了。他上这道奏疏的目的一是以恳切的言词，严厉的自责来平息公愤，二是希望唤起一些朝臣的同情，能站出来替他说上几句话。结果两个目的都达到了。群臣在议论方从哲的奏折时，已有人为他鸣不平。不久，刑部尚书黄克缵、给事中汪庆百、御史王志道等纷纷上书，要求立即刹住追查大行皇帝暴卒之谜的舆论。他们的主要理由就是如果纠缠下去，朝廷不宁，且陷先帝以非善终之地，与皇家名声也不好听。这样的理由如果从方从哲嘴里说出，就能引起众怒，而从其他官员嘴里说出，就显得有些道理。但天启认为这种辩解并没有搞清红丸案的真相，一时难以决断。这时，一直缄默无言的阁臣韩终于站出来说话了。韩以一个亲历者的资格出现，把当时他目睹的一切事实都详细地说清楚了。特别是方从哲当时进退维谷、左右为难的情景，被描绘得十