很可能被扣上一顶“弑君”的帽子。所以虽然他表面上还保持着镇静，但心中却在暗暗地思索着为自己解脱的对策。按明朝的旧例，皇帝驾崩，他的遗诏需由内阁首辅代拟，方从哲想来想去，觉得只有利用拟遗诏的机会，申明服用红丸是皇帝自己的意见，把责任一股脑推到大行皇帝身上才算上策。主意已定，他的神情也安定了下来，以宰相的风度调理后事，居然使一切有条不紊，当夜就安排好了举哀的全部程序。

    果不出方从哲所料，皇帝的暴卒引起了整个朝廷的注意。要追查皇帝死因的奏折两天之内就达数百件。其中有的奏本已经公开指出，给皇帝服泻药的内侍崔文升，最初曾在郑贵妃属下任职，后来才由郑贵妃转荐给朱常洛。崔文升竟敢用泻药摧残先皇，其背后必有人指使。这使方从哲感到吃惊，因为他明白自己与郑贵妃也有着极其密切的联系。如果有人说红丸是由自己引进的，再把它和崔文升联在一起，很自然地会形成一个育计划的弑君阴谋。朝议一起来就很难平息，自己将成为众矢之的。虽然对这些他已有预料，但绝没有想到，事态会发展得这么快。好在他在皇帝殡天那天起就已想好了对策，他满有把握地认为，群臣现在纷纷上本，是由于不了解真相。如今只要把皇帝的遗诏发下去，群情自可平息。于是方从哲迫不及待地征得了阁臣的同意，颁布了由他亲笔起草的遗诏。遗诏中以大行皇帝的口吻百般夸奖李可灼，并诏赐银币。方从哲以为这对堵住各言官的嘴可能会起极大作用。但他绝不会想到自己走了一招最愚蠢的棋。遗诏一下，群情鼎沸，朝臣们都知道遗诏出自首辅之手，无形更把方从哲与进红丸紧密地联在一起了。大家把遗诏当成了方从哲的“此地无银三百两”，许多言官直言不讳地把方从哲也列入弑君的行列，请求惩办崔文升，李可灼，并严查幕后主使的声浪愈演愈烈，到这个地步，方从哲也感到有点招架不住了。

    在天启初年的内阁中，辅臣韩算是威望最高的了。“红丸案”发生以后，尽管群臣纷纷上疏追问，韩却始终一言不发。这令方从哲十分恼火。十月四日，在内阁里议处政事，方从哲问韩：“李可灼进红丸从始至终你都清楚，为什么不出来说上两句公道话？”谁知韩只是微微一笑，根本没有回答。方从哲真不知这位辅臣葫芦里卖的什么药。其实韩一直在注视着群臣的动态，他对方从哲的无过受责也寄予很大同情，但是他看问题要比方从哲远得多。依他的主意，对群臣要求查清红丸案、追惩幕后人的奏折，本就应采取听之任之不加可否的态度，这样很可能喊一阵就自然的息声敛气了。方从哲过早地跳出来，又是颁遗诏，又是命人申辩，实际上是自己给自己套锁链。如今方从哲成了众矢之的，而自己也是陪同进药的阁臣之一，群臣攻击方从哲，未必对自己就没有猜疑，如果在这个节骨眼—上站出来为方从哲辩护，其结局将会和他一样陷入被动局面，那么要澄清此案就比登天还难了。韩的这番苦心，方从哲怎么会知道呢？

    十月中旬，追查“红丸案”的呼声达到了最高潮，礼部尚书孙慎行和左都御史邹元标上了两道令人瞩目的奏疏，孙慎行指出：“从哲纵无弑君之心，却有弑君之罪。欲辞弑之名，难免弑之实。”邹元标则厉声切责：“首辅方从哲不伸讨贼之义，反行赏奸之典，即谓其无心，何以自解于世。”这孙慎行和邹元标都是朝巾最孚众望的大臣，素以忠正耿介著称。尤其是邹元标，当年曾因反对权倾一时的首辅张居正受过很重的杖刑，被时人誉为“五直臣”之一，声震朝野。他们的奏折给追查“红丸案”元凶定丁基调，方从哲纵有一万张嘴也难以辩驳了。捧着这两道奏本，方从哲双手不断颤抖，他回顾这几天为平息众怒所做的努力，感到自己并没有走错棋，比如在会见群臣时，他曾严正地指出：“崔文升、李可灼进药，均系先皇所请，如说内中有阴谋，首先要使先帝蒙