病中的左宗棠得知刘锦棠就新疆建省一事拿出了具体的方案，也急忙把起稿师爷传到榻前，口授《新疆行省急宜议设，关外防军难以遽裁》一折。

    该折这样写道：“查新疆地周两万里，与陕甘督臣、陕西抚臣治所均相距甚远。从前分设将军、都统、参赞、办事、领队、帮办、协办大臣，换防总兵各员，布置不为不密。然治兵之官多，治民之官少，已有偏重之势。”又说：“夫福建之台湾，仅海外一岛耳。由省垣至彼，轮船一昼夜可达，其地延袤千有余里，较之新疆十分之一耳。其文职有道、有府、有厅、有县。而日本事宜，议者尚有移驻巡抚之请。况新疆为陕甘、山西各边及京师屏蔽，关系綦重，非仅台湾之比。且地大物博，承平时牛羊、麦面、蔬果之贱，浇植、贸易之利，金矿、铜矿之旺，徭役、赋税之简，哈萨克茶马、布匹、丝缎互市之利，又皆什伯内地，逐渐经理，可望与腹省腴地齐观，于度支亦非有所耗也。”

    折子拜发，左宗棠因连日劳累病势增剧，不得不奏恳开缺回籍。圣旨下，照例不准，只赏假三个月，命其在任所调理。

    左宗棠此次发病却大异于前，竟一直调理到光绪九年（公元1883年）三月份，仍未见好转，于是不得不再次陈情于上，奏恳开缺回籍。

    但朝廷此次并未依例赏假，而是下旨就海防一事询问布置机宜，盖因此时法国正对大清属国越南实行大肆侵犯，并逼迫越南与之订立了《顺化条约》，获得对越南的“保护权”。此时的大清国朝廷，眼见自己的属国硬被法国夺走，却并未派出重兵去与法国在越南军队交战，但又担心法国趁势在海上对大清国实行攻击，故有此一议。

    左宗棠接旨不久，即抱病上了《筹办海防会商布置机宜》一折，对南洋海防提出自己的看法，认为“将白茅沙视为长江总要门户，在此安设坚船大炮，力扼此津，并在江阴加强防守”“自古谈边防者，不外守、战与和，而就三者言之，亦有次第，必能守而后能战，能战而后能和。和局可暂不可常，其不得已而出于战，乃意中必有之事。”

    左宗棠上此折时已年高七十有一，又累受病痛折磨，但仍头脑清醒，反应敏捷。这大概也正是朝廷不肯轻易放他回籍的原因。

    左宗棠随后又给李鸿章急函一封，指出：“法国侵略越南，其意并不在越南，实欲通过越南，进窥我滇粤矣。”函后又赞扬刘永福“在河内大捷，足寒贼胆而快人心”。

    信函发走，左宗棠开始全身心地关注起法越战事，不知不觉中，病势竟然减轻，竟很快能下地走路了。病魔一撤，精神自然就好，他马上又给朝廷拜发了《敬筹南洋应办边务机宜》一折。

    在折中，左宗棠坚称：“唯越若不存，剥床以肤，将成西南巨患；刘永福一失，越南全境无与支持，倘为法人所用，更贻滇、粤之患。事机纷乘，间不容发。及今为之，已苦其缓；若再置之不理，西南之祸岂有穷期？”又向朝廷表示：“臣当于巡勘崇、宝海后，率新募各营回湘继进，以赴戎机，断不敢置身局外，致负恩知也。”左宗棠的豪气再次冲天而起。

    折子拜发后，左宗棠不顾家人及属员的劝阻，第再次乘船东下，巡视江海防务，直至崇明、宝山。船过上海租界，左宗棠为示自己身体健康，仍能督兵再战，竟下船与各国领事见面。各国领事见左宗棠谈起战事来神采飞扬，无不称奇，皆曰大清之左爵相，真乃战神转世也。一时观者如堵，纷纷传颂。

    左宗棠乘船南返途中，不期突遇特大暴风。一时间，舟在浪尖上跳跃，似野马脱缰，好像在空中飞舞。船上一干人众无不东倒西歪，无法把持，左宗棠亦晕倒过去，风息后方醒。醒来后，左宗棠不仅旧患悉数尽发，左眼亦从此失明。

    左宗棠回到督署，连夜上折，向朝廷汇报自己的病情