光绪六年（公元1880年）十二月初四，左宗棠将陕甘及新疆各事料理完毕，正式离开兰州总督衙门赴京。

    左宗棠一行人由西安再抵潼关，由潼关渡黄河入晋北上，历经五十几天的颠簸，终于转年正月二十七日从崇文门进京，当晚住进湖南善化会馆。

    左宗棠到京后，驻英、法两国公使兼驻俄公使伊犁事件交涉钦差大臣曾纪泽，代表本国政府，在俄国都城圣彼得堡，与俄国外交大臣吉尔斯重新签订了震惊世界的《中俄伊犁条约》（又称《中俄改订条约》）。该条约虽未将崇厚原订之约全盘推翻，但总算争回了以前划失的伊犁南境特克斯河流域，把损失降到了最低点。这也是晚清历史上，最让国人扬眉吐气的一个条约。

    左宗棠当即给刘锦棠书函一封，通报《中俄改订条约》的签订情况：“此次劼刚所议俄事尚无不协，画押后仍返英都，而令邵小村参赞持所议新约先归复命。”又说：“栽桑、种树、养蚕、学织、畜牧、沟洫，均新疆当务之急，各局司事务求晓事之人，明者自己鉴及。”

    左宗棠人虽已到京师，最放心不下的还是新疆。左宗棠在善化会馆住了五日，感觉精神略可支持，这才依例移住贤良寺，安排进宫面圣的事。五月二十八日，左宗棠抱病随文武大臣进宫面圣。两宫太后照例是帘内端坐，前面坐着的是年仅十一岁的小皇帝光绪。

    问话自然都是慈禧太后发起，不过是新疆以前怎么样，现在怎么样，一路是否还安静等话。左宗棠一一作答。

    慈禧太后最后才道：“左宗棠啊，你在外面待久了，现在来到京城，每天上朝都要起得很早，你又有病，想必多有不便吧？”

    左宗棠忙答道：“回太后话，臣自到陕甘，身体一直不怎么好，但每天只睡到五更必起床视事；大军出关以后，臣每日睡得更少，有时三更天起床，有时四更起床，那才真叫早啊！”

    慈禧太后忙笑道：“你能这样就好。你很能办事，我们和皇上都知道，你跪安吧。”

    左宗棠下来不久，圣旨便颁下：“大学士左宗棠，管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门行走。”

    左宗棠接旨的当日就上折以“宿恙举发，手足拘急痛楚，头晕耳聋”为由，恳请开缺各差回籍养疾。上自然不准，但赏假三个月在京师调理。

    左宗棠在贤良寺养病期间，大内总管、慈禧太后身边最得宠的太监李莲英，来看望他。

    李莲英为了能给左宗棠留个好印象，特命人从江南运来野山茭一竹筐，又在京城命人精选上等红辣椒两串，作为给左宗棠的见面礼。

    但左宗棠并没有见李莲英，他让身边的侍卫传话给李莲英：“老夫此次患的是羞症，不能见生人，更不能吃山茭和辣椒。李总管的心意老夫心领了。”

    李莲英离去许久，左宗棠仍大骂阉奴不止。但李莲英毕竟不是安德海，他自有对付左宗棠的办法。

    李莲英是直隶河间人，绰号皮硝李，咸丰时自阉为宦。李生来性狡黠，最会见风使舵，又梳得一手好发髻，颇得慈禧太后欢心。安德海被丁宝桢诛杀后，慈禧把他从梳头房太监拔擢为总管太监，渐渐开始红起来。他从此以后便仗着慈禧的后台，开始广植私党，卖官鬻爵，并时不时地在慈禧太后面前干预国政，竟能累累得逞，连恭亲王都要敬着他。

    一日，李莲英看慈禧太后心情不是很好，便借机说道：“老佛爷，奴才听外面的人说，左宗棠自打进京，整日戴着个黑黑的洋玻璃镜子，逼着京官请他吃饭、看戏，还让人送银子给他花。奴才听了这话，私下就想，这姓左的，不是要辜负老佛爷对他的那片心吗？”

    慈禧太后听了这话，当时一句话也没说，但私下里，却把恭亲王传进宫来，问道：“左宗棠究竟病得