残部，为阻止官军西进，竟丧心病狂地命令匪兵炸开都河堤坝，以达到水淹官军的目的。

    刘锦棠传命各营涉水而过，很快进入喀喇沙尔，旋命一营兵勇快速修复开都河堤坝。收复喀喇沙尔的当日，刘锦棠只留少许员弁处理善后，亲统大军直取库尔勒。攻克库尔勒后，刘锦棠正要乘胜前进，不期官军粮车却被伯克·胡里所劫。各军顿时陷入困顿之中。

    刘锦棠一面稳定军心，一面联络当地百姓为官军筹思办法。百姓感其诚，遂带领官军寻找阿古柏守军的地窑藏粮，一日竟得数万斤，危机顿消。

    九月十二日，刘锦棠统军收复库车；十五日收复拜城；十八日收复阿克苏；二十日收复乌什。七日之内，连克四城，这是刘锦棠在新疆创造的第三个奇迹，刘锦棠本人从此后也被当地百姓赞誉为“飞将军”。

    伯克·胡里率残部狼狈奔逃，几无喘息之机。

    左宗棠在《穷追回夷连复阿克苏、乌什两城请奖恤出力阵亡各员弁》折中这样写道：“此次官军浩荡西征，一月驰驱三千余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什四城，南疆八城已复其半。”又说：“前矛既锐，后劲仍遒，戎机顺迅，古近罕比。东四城既克，和阗、叶尔羌、英吉沙尔、喀什噶尔西四城分攻合剿，自有余力。”

    奏折拜发之后，未及圣旨下达，刘锦棠已于同年十一月十三日，率两路大军抵达阿古柏伪汗国的王城——喀什噶尔城下。

    伯克·胡里等匪部，见官军从天而降，不敢与之交锋，竟慌忙率残部从后城门逃遁，旋进入俄国境内。越四日，刘锦棠率军抵达叶尔羌。守敌闻官军将至，竟然弃城先逃。

    刘锦棠留罗长祐领一营人马安抚当地百姓，料理善后，自己则率军径奔英吉沙尔。英吉沙尔守敌见官军突至，慌忙在城头竖起白旗请降。

    刘锦棠将英吉沙尔降众料理完毕，没有继续进军，而是统率本部人马返回喀什噶尔休整，盖因时令已到漫天飞雪的最恶劣季节，大军不宜长途奋进。

    圣旨正在这时递进肃州，旨曰：“左宗棠奏官军追剿逆回，连复阿克苏、乌什两城一折。官军进规新疆南路，自克复喀喇沙尔、库车各城后，经甘肃西宁道刘锦棠督率所部，疾驰西进，自九月十五至二十等日将安集延各股跟踪追剿，迭获胜仗，杀贼以数千之计，连复阿克苏、乌什两城，就抚各回不计其数，师行迅利，大振军威，仍命左宗棠饬刘锦棠稳慎进取，将伯克·胡里等逆擒获，速蒇大功。此次官军整旅西征，于冰霜凛冽、弥望戈壁之中，一月驰骤三千余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什四城，南疆已复其半，诸将士踊跃用命，自应量予恩施。刘锦棠着开缺以三品京堂候补，提督谭拔萃，着交部照一等军功例从优议叙……”

    这道圣旨意味着，新疆即将全境收复。