左宗棠接诏大喜，尽管他对景廉的能力一直持怀疑态度，但不管怎么说，景廉毕竟是朝廷倚重的边务老臣，如今实授钦差，或许当真能扭转新疆的局面。

    左宗棠一面派员出关向景廉赍送钦差大臣关防，一面檄饬各路粮台，加紧筹措饷粮，以利师行。

    但岛国日本以琉球船员在台湾遇难为借口，突然发兵侵犯台湾一事，却打乱了大清国西征的部署。大清国朝廷不得不由专注新疆，转而兼顾起海防来，并由此引发了一场声势浩大的塞防与海防之争。武力收复新疆的脚步放慢了。

    同治十三年（公元1874年）初，经过充分的准备，早已觊觎我国台湾的岛国日本，以琉球船员在台湾被当地人杀害为借口，悍然发动对台湾的战争，只用三昼夜便将台湾占领，其进军之速大出朝廷所料。日本此次虽只派兵三千，但船坚炮利，士兵手里的器械精良，极有战斗力。

    这件事最后虽然仍然通过外交谈判得以解决，但大清国不仅允给日本恤银十万两，还对日本军队占据台湾期间所有修道、建房等件，偿银四十万两，并承认日本此次侵台是保民义举。日本侵台事件，无意中显示了日本海防的强大，也暴露了大清国海防的薄弱。

    而就在总理衙门与日本反复交涉期间，左宗棠以饷源顿涸，奏请允借洋款三百万两，以支西征大局。又上《附陈开屯实在情形》及《嵩武军进驻哈密垦荒》二片。

    日本侵台事件发生后，左宗棠又连续两次上书总理衙门，就总理衙门筹议海防一事，条陈自己的意见。

    左宗棠指出：“此次倭奴窥犯台郡，西洋各国先未与闻，其竟以相告，示其无他，似近情理。然岛族性情贪诈傲狠，不可深信。倭人既舍其旧俗，变其衣冠，以从西人，西人安之素矣。谓此次阴助之者，仅花旗一起，未必尽然。”又说：“轮船已成十五号，洋防可固。更得劲卒万余，以次航海继进，陆路亦有把握。维此事肇端虽在一隅，而事体事关全局。”

    很显然，左宗棠对日本之患还没有深刻的认识。而朝廷对左宗棠奏请借洋款以及上书总理衙门等事，均未给予答复。