心即真心，清净、觉悟，真心同时也是妄心，染污烦恼，所以慧能认为：无明烦恼与真如佛性本自具足。故云：菩提本清净，起心即是妄，净性在妄中，但正除三障。从而形成了烦恼即菩提的说法，而它们二者的关键在于一个转心而没有一个可断的烦恼。宗密曾说：迷起一切烦恼，烦恼也不离此心，悟起无边妙用，妙用亦不离此心，妙用烦恼，功用虽殊，在迷在悟，此心不异，欲求佛道，须悟此心，这迷悟一体的心，即是禅宗核心思想直指人心，见性成佛的根源，那么《坛经》中的心是不是唯心系的真心呢？一般慧能是不即真心意义上使用心这个概念的，因为心并不能表达他的真心思想。心是就凡夫说，真心是就悟后而言，而涉及到真心、佛性等问题时，一般都是用性来表达的。如《坛经》中曰：善知识！法无顿渐，人有利钝，自识本心，是见本性，又曰：识心见性，自成佛道，不假外修，但于自心令本性常起正见，何不从于自心，顿见真如本性？由此可见，慧能是把自心与本性联系在一起的，从现象的自心入手，达到本质的本性(真如佛性)的领悟，也就是识心见性，识心为用，见性是体，从用上见体，从体上显用，体用不二，不即不离。在迷为心，在悟曰性，心性同体，而用有别。

    心之与性，是对立、统摄、依存与同一的关系。对于心性论，慧能作了一个形象的比喻：心即是地，性即是王，性在王在，性去王无。性在身心存，性去身心坏。佛是自性作，莫向身外求。从心是地，性是王来看，似乎心性一分为二，其实是在说明身心与性的依在存关系。心无性无以存，性无心无以在，性必依心而居，心必依性而有。所以欲见本性，必识破自心，始于自心顿现真如本性。所谓菩提自性本来清净，但用此心直了成佛。由于心性在解脱论上，本质是一回事，所以《坛经》中有时说心是佛，有时说性是佛，有时说菩提即烦恼，烦恼即菩提，所以在强调心性的关系时，也十分强调从心开发本性，也就是识心见性、顿悟成佛。这种同一的思想在意义上有两个方面：一是就众生的证悟解脱身来说，心性是同一的，如：识心见性，即悟大意。二是从含容万物来说，心与性也是同一的，万事万物皆是心性所显现，这种心性论在禅宗史上占有十分重要的地位。

    慧能心性论的思想导出了直指人心，见性成佛的禅法宗旨，然而见性一词指什么呢？见性，即是开发自性，彻见自己本来的心性，自觉到本来具有佛性。达磨《血脉论》曰：若欲见佛，须见自性，性即是佛。日本永平道元禅师曰：见性者，佛性也，万法之实相，众生之心性也。这些都说明了见性即是见佛性。慧能也是位佛性论者，他主张人人皆有佛性，他的解脱论就是以佛性论贯的摄的，然而在《坛经》中，却只有五处讲佛性：如：佛性常清净，何处惹尘埃、人即有南北，佛性无南北，身与和堂不同，佛性有何差别？而在《坛经》中占了主导地位原却是自性一词，如：何期自性本来清净，何期自性本不生灭，何期自性本自具足，何期自性本无动摇，何期自性能生万法。所以说从《坛经》上看，似乎并不重视佛性，佛性只是在众生成佛的因性上被使用，并不是本原实体的真如义。而在《别传》中佛性一词却俯首可拾，但也是从佛性不二的角度去发挥的。而自性一词却与清净心、本心、如来藏、真如、实性、法性等词等同起来，如性含万法是大，万法尽是自性见。到了后来慧能的弟子神会，又用佛性而不用自性。那么佛性与自性到底是一个概念还是两个概念呢？《大般涅经》卷二十七说：佛性者，即是一切诸佛阿耨多罗三藐三菩提中道种子。所以佛性，即是佛种性，指众生成佛的可能性、因性、种子。这在敦煌本《坛经》中可以找到佐证，如无情无佛种，即是说佛性是有情才具有的，无情具有法性，而不具有佛性，当然佛性就不能代表本性了，然而在《坛经》中又说：佛性常清