辞而去，退藏于密。弘忍生前对神秀颇为赏识，甚至要传付嘱他继承祖位，而神秀却涕辞而去，退藏于密，其大德高风，与慧能所述基本相符。显然，对神秀的百般污蔑，必在神会猛烈攻击神秀之后。可是，并不能因此就断定是神会造的假。相似的文句还出现叙述在弘忍临终前诸弟子悲泣而神会神色自若的段落。五祖因此称赞神会而批评其他弟子余者空得数年在山，修行何道?文字口气，与前引神秀的自忖如出一辙。若再参照《坛经》其他段落对神会的吹捧，则这些地方曾被神会门徒作了手脚，殆无疑义。神会以攻击神秀起家，为南禅争得正宗地位。此后，其弟子起而仿效，甚至出现神秀派遣刺客谋害慧能等谣传，鄙俗离奇。大概攻击神秀、吹捧神会及以《坛经》传宗部分，为神会门人所作，其见识之凡庸，当不会出自有道高僧之手。

    公正地说，神会门徒亦不应对《坛经》的改窜负全部责任，更多的改动似非出自其手。例如，慧能教其弟子以三十六对说一切法，：以事物的外在表现形态来把握中观思想，显然不合中观正道真谛，近于庸俗诡辩，不似慧能所言；慧能临终前对法海交代依约时说：后代迷人但识众生，即能见佛，含义不明，且与其后所作的《见真佛解脱颂》：迷即佛众生，悟即众生佛。愚痴佛众生，智慧众生佛。意思悬隔，文不对题。这些思想亦非神会一派，故知其为他人所附。

    出现这种情况，显然和以《坛经》传宗有关。日本松本文三郎先生指出，《坛经》似为继承曹溪慧能法系的南宗祖师作为印可证明而授与弟子的传授本。印顺法师在《中国禅宗史》中，解释唐人韦处厚《兴福寺内供奉大德大义禅师碑铭》所谓洛者曰会，得总持之印，独曜莹珠。习徒迷真，，橘枳变体，竟成《坛经》传宗，优劣详矣，也认为神会一派在传法时有着传付一卷《坛经》的传法制度，以此作为师弟间传授南宗的依约。在这种传法制度下，各传法祖师必然要对《坛经》进行讲解，其研修心得往往附记于书中，下代弟子抄写时，便将此糅人经中。将后代的《坛经》与敦煌本《坛经》作一对比，即可发现文字的膨胀，更多是对原文的阐释、润色和改错，使之浅显易懂而通顺流畅。因此，《坛经》传世逾久，增加得逾多，有多少版本，就有多少文字出入，很难解释为某一时期个别人有意的篡改。然而，个人体道悟境不同，因此，其对《坛经》的讲解自有出入。例如，在敦煌本中，慧能阐释心中众生，各于自身自性自度。何名自性自度?白色身中邪见烦恼、愚痴迷妄，自有本觉性。只本觉性，将正见度。这段文字，在大乘寺本中作：心中众生，所谓邪迷心、诳妄心、不善心、疽(疾?)妒心、恶毒心，如是心者，尽是众生，务须自性自度，是名真度。何名自性自度，即自心中邪见烦恼愚痴众生，将正见度。比较两个版本，不难看出，后出的大乘寺本对心中众生增加许多世俗容易理解的具体发挥，却脱落了至关重要的本觉性，似乎这位讲经者并没有深刻领会后述慧能与神秀的根本区别。

    《坛经》惠昕本序言说：古本文繁，披览之徒，初忻后厌，因此对《坛经》进行了改编。据其所言，改编亦有删繁就简之处。有人认为，《坛经》存在着由繁到简，又由简到繁的过程。比较目前主要的《坛经》版本，看不出有这样的过程，但简约经文的情况确实存在。例如，惠昕本有著名的风幡故事，可是，在被认为源出惠昕本系列的大乘寺本却删去了这一段。对于敦煌本，诸本各有简约，如惠昕本等没有禅宗二至五祖的《传衣付法颂》等等。恐怕各讲经或刊印者曾对《坛经》作过订正，对于诸如由《曹溪大师传》补入的风幡故事或不足凭信的历代禅宗祖师偈语等，颇予删除。因此，《坛经》的修订，既非随心所欲，亦不限于某一时代。

    日本石井修道先生认为，《坛经》各本均源自敦煌本，而杨曾文先生则认