虽然庭审没有得出确切结论，但国民党方面却抓住这段时间，通过真假难辨的舆论宣传，将“刺宋案”的幕后主使指向袁世凯。

    袁世凯的确有刺杀宋教仁的动机。

    宋教仁组建国民党，主张政党内阁，矛头直指袁世凯，袁世凯自然是知道的。第一次国会选举结束后，选举的结果是国民党大获全胜，这对袁世凯无疑是一个沉重的打击，因为国民党若以合法手段取得政权，将会极大地限制他的总统权力。为了收买宋教仁，袁世凯曾托人赠五十万元给宋教仁，但宋教仁却全数退回。收买不成，继而采用极端的暗杀手段，将政坛劲敌除去，这在逻辑上是说得通的。

    除了动机，袁世凯被怀疑为“刺宋案”的幕后主使，还有相关的实物证据。

    应桂馨与洪述祖的往来电报从应桂馨的家里被搜出，也在上海电报局找到了底稿。电报上的内容每一条都与刺杀宋教仁有关，而洪述祖则是内务部秘书，是国务总理赵秉钧的人，也即是袁世凯的人。在应桂馨发给洪述祖的电报中，多处出现“乞转呈”“望转呈”等词，显然洪述祖不是此案的幕后主使，在他的背后还有人，而站在洪述祖背后的人，便是赵秉钧和袁世凯。

    既有动机又有证据，上海各界舆论，自然把矛头直指袁世凯。

    不过此案却有诸多显而易见的疑点。

    譬如说，武士英刺杀宋教仁之后，为何不逃之夭夭，反而躲进应桂馨家里？他为何不扔掉行刺用的六响手枪，反而一直留在身边，甚至连剩余的三颗子弹都没有取出？应桂馨明知武士英是凶手，为何不将武士英送走，反而将武士英留在自己家里？他与洪述祖的往来电报，是证明他乃幕后凶手的唯一证据，为何不直接销毁，反而一直保留？举报第一条线索的六野旅馆的旅客，为何不向巡警总局或地方检察厅举报线索，反而直接向国民党方面举报？他在举报线索之后，为何不去领取各方悬赏的赏金，反而就此消失，没了踪影？

    这些太过明显的疑点，让当时的舆论出现了另外一种截然相反的猜测，认为“刺宋案”的幕后主使绝非袁世凯。

    应桂馨曾是陈其美的亲信，跟随陈其美多年，又替孙文做过事，换句话说，应桂馨长时间是革命党的人，袁世凯如果要刺杀宋教仁，岂会把如此秘密而重要的事交给应桂馨来做，另寻更为值得信任的杀手岂不是更好？“刺宋案”是在陈其美严密控制下的上海地界内发生的，袁世凯如果要刺杀宋教仁，为什么不等宋教仁去往北京的半路上下手？如果在去往北京的半路上动手，不仅更容易成功，而且得手之后，“刺宋案”的审理权因为案件发生地的缘故，便会落入北京政府的手中，而不是一直由国民党方面进行操控。

    持这种观点的舆论认为，“刺宋案”有可能是国民党方面故意设的局，以图栽赃嫁祸给袁世凯，至于背后的主使人，便是上海的实际掌权人陈其美。

    和袁世凯一样，陈其美也有刺杀宋教仁的动机。

    陈其美一直是孙文的左膀右臂，而孙文与宋教仁素有矛盾，尤其是国民党成立之后，孙文在党内的影响力大减，可以说宋教仁已经取孙文而代之，成为了党内的实际领袖。在宋教仁为国民党参加国会选举而四处奔走时，孙文却不闻不问，远赴日本，足见他对宋教仁持何种态度。主动下手，替孙文除去政敌，陈其美拥有刺杀宋教仁的动机。

    在暗杀方面，陈其美是精于此道的高手，陶成章被刺就是先例。“刺宋案”的间接凶手应桂馨曾是陈其美的亲信，陈其美对其有知遇之恩，应桂馨虽然表面上投靠了北京政府，但他很可能暗中仍在替陈其美卖命。该案的直接凶手武士英，在预审的前一天暴毙于六十一团兵营里，而六十一团处于陈其美的绝对控制之下，陈其美杀人灭口，以免武士英在地方检察厅的预