到大哥的信后，曾国荃的头脑开始冷静了点，原拟的第二份参折暂时搁下未发。曾纪泽则遵父命离开武昌南下，跳出这个是非圈子。

    不久，来武昌调查督抚纠纷的钦差回到京师，将曾国荃所列官文各条一一驳回。都察院的御史上书，奏官文为肃党余孽事既不成立，曾国荃则为诬陷，例应反坐。其他各省督抚中也有人上奏，说曾国荃侍功傲物，打仗失败，应予惩治。

    慈禧太后对此事颇感为难。她既需要官文这样忠实的家奴，也需要曾国荃这样能斗的鹰犬。眼下捻军势力强大，国事未安，曾氏兄弟和湘淮军是她依赖的柱石。但官文无过受辱，朝野物议甚烈，不压一压曾国荃也难平众怒。她想给曾国荃一个“降二级处分”，犹如当年曾国藩为杨健请入乡贤祠所得的结果一样。

    这时，接替杨岳斌任陕甘总督的左宗棠，给朝廷来了一份词气亢厉的奏疏，称赞曾国荃劾官文一疏，是当今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正气大张，并以自己在湖南抚幕多年的身分为证，指责官文贪劣庸碌，不堪封疆重寄，请求太后、皇上撤官文之职，以昭朝廷公正之心。左宗棠正处在平回民之乱的前线，他这封奏折的分量，远胜他省督抚和都察院的御史。曾国藩密保官文的奏折此时也到了慈禧的手中。慈禧是个精明的人，她深知曾国藩不早不迟，恰好这时来封保官的折子，无疑是在为弟弟弥缝，希望这件事不要水火不容地闹下去。曾国藩的这个态度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾国藩和弟弟站在一边，坚决与官文为敌，那就更麻烦了；曾国藩的面子还是要给的。慈禧决定按督抚不和的处置成例来个和稀泥。于是将官文内调京师，以大学士掌管刑部，兼正白旗蒙古都统，调李鸿章为湖广总督。因苏抚一职暂不能离开，遂调湖南巡抚李瀚章暂署湖督，由刘昆接替李瀚章。对曾国荃则未加任何指责。一场大风波就这样平息了。

    正当曾国藩为九弟平安度过险境，湖督一职落入湘淮军手中而欣喜的时候，赖文光、张宗禹趁着清廷官场这场内耗的大好时机，在禹州大败郭松林部，然后挥师北上，率领五万铁骑，轻而易举地突破由豫军守卫的朱仙镇至开封府一带的防线，昼夜急驰，挺进鲁西。苦心经营半年之久的河防大计，一夜之间便付之东流。消息传来，曾国藩在济宁州一病不起。