悲多欢少的结局
杨乃武小白菜一案真相大白后，剩下的就是结案量刑的问题。对于犯人、证人还好说，对于之前历次承审官员的处理就是个难题了。尤其是杨昌浚、胡瑞澜这样的一品大员，身后还有湘军做靠山，要下决心查办，实在不是件容易的事。如果说之前的党争还只是潮流暗涌的话，随着案情的明朗，朝中大臣很快就分成了两派，派系争斗公开化了。
一派以大学士翁同龢，翰林院编修夏同善、张家骧为首，主张对浙江承审官员严惩不贷。这一派多是浙江、江苏人，称为江浙派。又因为大多是文臣谏官，因而被称为朝议派。
另一派则认为刑部审验不足为凭，应该维持杨昌浚、胡瑞澜原判。这一派以湖南、湖北籍大臣居多，称两湖派。因掌握地方实权，又称为实力派。不过他们的首脑人物，并非两湖人士，而是贵州平远人丁宝桢。
丁宝桢的出现十分富有戏剧性。他当时任四川总督，刚好回京城办事，听说刑部在海会寺当众开棺验尸后，立即气势汹汹地赶去刑部，斥责刑部尚书桑春荣老耄糊涂，说葛品连已经埋到地下三年，毒气早已消失，不能凭尸骨呈现黄色就认定不是中毒死亡，而是应该维持杨昌浚原判。还大发雷霆地说：“这个铁案如果要翻，将来没有人敢做地方官了，也没有人肯为皇上出力办事了。”当时桑春荣已经写好了参革各承审大员的奏疏，丁宝桢声色俱厉的态度当即就把他吓坏了，竟然当场答应先压下奏疏，慎重研究后再说。
丁宝桢声名鹊起、令天下人刮目相看是在同治八年（1869）。那一年的七月，慈禧太后派亲信太监安德海出京，被当时还是山东巡抚的丁宝桢抓住后就地正法。因为这一件事，京官都十分畏惧丁宝桢。更有一种传说广为流传，说在背后支持丁宝桢的就是恭亲王奕䜣和慈安太后。正因为如此，丁宝桢大闹刑部的直接介入令杨乃武小白菜结案的局面更加复杂化，此时已经不仅仅是中央朝廷与湘军军事集团之间的争斗那么简单，传说恭亲王奕䜣和慈安太后均有意趁此机会打压慈禧太后，所以丁宝桢才气焰极盛。
正因为涉及种种势力，慈禧太后一时之间也不知道该如何处理，无论偏袒哪派，另一派都不会答应。就在这位帝国的最高执政者犹豫不决的时候，都察院御史王昕上了一道奏折，这就是著名的《奏杨乃武葛毕氏冤案折》。奏折全文如下：伏读本月（光绪二年十二月）十六日上谕：刑部奏承审要案复验明确一折，浙江余杭县民人葛品连身死一案，该县原验葛品连尸身系属限毒殒命，现经该部复验，委系无毒因病身死，所有相验不实之知县刘锡彤，着即行革职，即着刑部提集案证，讯明有无故勘情弊，及葛品连何病致死，葛毕氏等因何诬认各节，按律定拟具奏。钦此。仰见我皇上钦恤用刑，慎重民命之至意。臣愚以为期罔为人臣之极罪，纪纲乃驱下之大权。我皇上明罚敕法，所以反复求详者，正欲伸大法于天下，垂炯戒于将来，不止为葛毕氏一案雪冤理枉己为。
伏查此案奉旨饬交抚臣详核于前，钦派学臣复审于后，宜如何悉心研鞫，以副委任。万不料徇情枉法，罔上行私，颠倒是非，至于此极。现经刑部勘验，葛品连委系因病身亡，则其原定供招证据尽属捏造，不问可知。夫借一因病身亡之人，罗织无辜，锻炼成狱，逼以凌迟重典。在刘锡彤固罪无可逭，独不解杨昌浚、胡瑞澜身为大臣，迭奉严旨，何忍朋比而为此也。胡瑞澜承审此案，熬审逼供，唯恐翻异，已属乖谬。而其前后复审各折片，复敢狂易负气，刚愎怙终，谓现审与初供虽有歧异，无关罪名出入，并请饬下各省著为律令。是明此案尽属子虚，饰词狡辩，淆惑圣聪，其心尤不可问。而杨昌浚于刑部奉旨行提人证，竟公然斥言应取正犯确供为凭，纷纷提解，徒滋拖累。是直谓刑部不应请提，我皇上不应允准，此其心目中尚复知有朝廷乎？臣揆胡瑞澜