杭州城，直接赶往南乡詹耀昌家祭奠。与他一同前往的还有监生吴玉琨（詹耀昌的干兄弟）、沈兆行、孙殿宽等人。此后，杨乃武一直呆在岳父家。十月初五举行詹善政的过继礼时，在场的杨乃武、吴玉琨、沈兆行、孙殿宽、杨乃武的堂兄杨恭治等人都在过继书中画押作证。直到十月初六，杨乃武才返回余杭家中。正因为有许多人证，杨乃武有恃无恐，他坚信刘锡彤的诬赖根本无法得逞。

    另一边，刘锡彤也在积极行动，十月十二号一早，他便将连夜写好的呈文送报杭州知府陈鲁，称杨乃武涉嫌通奸谋毒，要求革去其举人身份。按照清朝制度，革去功名需由巡抚上报朝廷具题。陈鲁与刘锡彤关系密切，见刘锡彤一再强调事关重大，也极为重视，立即呈报给浙江巡抚杨昌浚，再由杨昌浚向朝廷具题。吏部接受具题后，研究是否批准革去杨乃武举人时，同治皇帝知道了此事。这位皇帝自登上皇位那一天起，便一直生活在其母慈禧太后的阴影下，处处受到掣肘。不过他有一位很好的皇后阿鲁特氏，帝后感情很深，因而最恨奸夫淫妇这类的事，便亲笔在杨昌浚的具题上批道：“杨乃武著革去举人，其因奸谋死本夫情由，著该抚审拟。”

    在批文下达前，监生吴玉琨、詹善政等人联名向刘锡彤递交了公禀呈词，联合证明杨乃武十月初五人在南乡，根本不可能当面交给小白菜砒霜。刘锡彤便安排杨乃武与小白菜当面对质。小白菜害怕受刑，一口咬定原供属实。杨乃武当场破口大骂，怒斥小白菜信口雌黄。小白菜默然低头，内心无限愧疚。由于革除杨乃武功名的批文还没有到达，刘锡彤不便对杨乃武用刑，但认为根据小白菜的供词已经开始定案，便当场判定吴玉琨等人是作假证以为杨乃武开脱，只将结果详报上司杭州知府陈鲁。

    十月二十日，刘锡彤将人犯杨乃武、小白菜，人证喻氏、王氏、詹彩凤等及相关卷宗解押到杭州城，但却有意扣押了吴玉琨等人递交的杨乃武十月初五不在余杭的证词，没有上交。不但如此，刘锡彤还亲自赶到杭州，上下活动，将小白菜“十月初五日杨乃武亲自交给我砒霜”的供词改成了十月初三。

    杭州知府陈鲁是靠军功起家，最看不起文人，认为他们只会吟风弄月、聒噪惹事。对于杨乃武之名，他也早有所闻，据说此人恃才傲物，好议短长，且惯作谤诗，毁谤官府，还曾经在仓前镇率领粮户闹粮，因而他一开始就对杨乃武印象极坏。刚好此时，朝廷革除杨乃武举人身份的批复已到，陈鲁一开始审讯，不问其他人，先逼取杨乃武的口供。杨乃武依旧傲气十足，拒不招供，陈鲁便命人对其严刑拷打。凡是杭州府有的酷刑都使出来了，如杖打、上夹棍、跪钉板、跪火砖、吊天平架等等。杨乃武本来恨极小白菜攀诬自己，在刑讯中几次死去活来后，才对小白菜的处境有了刻骨的体验。在那样的折磨下，他唯一的想法就是只求速死。最终，他如同小白菜一样，也没能熬住酷刑，被迫诬服招供。

    涉案的两名犯人均已经招供，剩下就是追查毒药的来源——杨乃武是在哪里买的砒霜。杨乃武从来没有买过砒霜，根本无从回答，但被拷打得急了，突然想起来曾经见到仓前镇有一家“钱记爱仁堂”药铺，便供认说：“十月初三，我假称要毒老鼠，花了四十文钱在钱记爱仁堂铺内买了红砒，交给了葛毕氏（小白菜）。”陈鲁又问药铺老板叫什么，杨乃武信口答道：“钱宝生。”于是陈鲁派刘锡彤到仓前镇缉捕“钱记爱仁堂”药铺的老板“钱宝生”，以获取罪证。

    十月二十七日，刘锡彤回到余杭，没有直接派人去仓前镇“钱记爱仁堂”找“钱宝生”，而是先找来训导章濬（章纶香）商议如何应付。可见他内心已经知道“钱宝生”不过是杨乃武为了避免受刑随口捏造出来的名字。章濬素来厌恶杨乃武，当即向刘锡彤献计，由他先写信通知“钱宝生”，要钱大