。六月十四日，内阁大学士宋晋奏道：“和局固宜保全，民心未可消失，欲惩擅杀之罪，必究起衅之根，请饬曾国藩速行查明曲直，秉公办理，以释民疑；以长江水师紧要，请饬整顿。”慈禧太后深以为然，也想趁机将长江水师从湘军将领手中夺过来，急命马新贻以布防的名义整理长江水师，力除废弛。长江水师历来是黄翼升的立身之本，他当然不肯轻易交给对头马新贻来整饬，二人矛盾开始表面化。

    六月二十六日，法国兵船进入天津海河。曾国藩闻讯呕吐大作，一病不起。六月二十八日，慈禧太后再发上谕，谕令李鸿章即带军赶赴京畿驻防，命马新贻迅速调动长江水师，安排江苏、上海海口防范事宜。就在马新贻费尽心思地思考如何从黄翼升手中夺过长江水师的指挥权时，他遇刺了。因此不少人都怀疑黄翼升就是刺马主谋，不过联想到黄翼升与曾国藩的关系，没有人敢把这话说出口——黄翼升如果是刺马主谋，难道曾国藩会不知道吗？没有人敢往深层想。

    郑敦谨恍然大悟后，又是惶恐又是无奈，不敢再深究下去，于是也如同曾国藩一样，开始做起了表面文章。参加会审的孙衣言、袁保庆看到会审不过是走走过场，将十八名人证点名一次就算审完了，很是不满，多次要求以酷刑逼问张文祥，都被郑敦谨婉言拒绝。而在无聊的审讯和官员们的争辩中，一心要找出真相的孙衣言和袁保庆也精疲力竭了。

    正月二十九日，郑敦谨到达江宁还不到一个月，便与曾国藩联名上奏，奏结基本上用的是之前张之万、魁玉的定拟叙述，不过更加详细，取供、采证、行文更加缜密。所不同的是对张文祥的量刑更加残酷，除了拟凌迟处死外，又增加了一条“摘心致祭”，并戮其子。

    对于这样照旧糊里糊涂的奏结，参加会审的孙衣言、袁保庆拒绝在上面签字画押，以此表示不满。但郑敦谨、曾国藩均是饱经世故的人物，手段、谋略远比孙、袁二人高明，他们索性在奏结中不提孙衣言、袁保庆参加会审一事，这样根本就无需二人的签名。

    在上奏的同时，郑敦谨、曾国藩又抢先将供招抄录分送军机处、刑部存案，造成定案的既定事实。意思很明白，这是最后定案。在奏章外，曾国藩和郑敦谨还特意附了一张“片子”，上面写着：“该犯供词，尚属可信。”与之前张之万、魁玉的用语一模一样。

    至此，距离张文祥刺杀马新贻已经有八个月时间。