两江总督，正式官衔为总督两江等处地方提督军务、粮饷、操江，统辖南河事务，是清朝最高级的封疆大臣。清朝初年，该总督管辖江南、江西两省的军民政务，由此得了两江总督这个称号。后因江南省人多物阜，遂分为江苏、安徽两省，分别取名于境内之重城江宁、苏州和安庆、徽州的第一个字。此后，两江总督总管江西、安徽、江苏三省以及江宁布政使司所属的苏北地区，总督衙门一直设在江宁。

    两江历来是人文荟萃之地，也是朝廷的财赋重地，“国家财富，悉出两江”。两江总督封疆三省，清朝最主要的赋税基本上都是来自两江总督下辖的地区。因此在当时的八大总督（直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、两广、四川、云贵）中，两江总督是最肥的差使。在太平天国之前，两江总督大多由满洲贵族担任，很少轮到汉人头上。直到太平天国后，清朝廷才不得不重用汉人，而靠湘军一手发家的曾国藩想得到这个位子想了很多年。

    咸丰七年（1857）春，曾国藩以父丧为名，擅自离军回乡，并上了一个《历陈办事艰难仍恳终制折》，一方面诉说自己报国事君之诚，一方面抱怨自己官职太低，只是个在籍侍郎，没有兵权、财权和文武黜陟之权，所以办事艰难。曾国藩原是想借此要挟朝廷，索取两江总督实权。不料咸丰皇帝本来就是想利用湘军消耗太平天国的有生力量，让满洲贵族统率的江南、江北大营坐收渔利。加上当时汉人军机大臣祁隽藻认为曾国藩“以侍郎在籍，犹匹夫耳”，不过一书生，却能在短时间内迅速组建起湘军，不由深为忌惮，向咸丰皇帝上奏说“恐非国家之福”。咸丰皇帝趁机顺水推舟，批准曾国藩回乡奔丧不说，还借机将他湘军的统率权一并夺走。曾国藩的政敌何桂清则被擢升为两江总督。

    曾国藩偷鸡不成反蚀一把米。失去了湘军，他就失去了在朝中保家立命的根本。追悔莫及之下，只得再上奏折，表示军务未定，粤匪未平，自回乡以后，日夜忧虑，惶悚不安，请求重新统率湘军，再为朝廷效力。咸丰皇帝素来忌惮汉人，对曾国藩也没什么好印象，照旧置之不理。然而，局势很快就逼迫他不得不以皇帝之尊向曾国藩“匹夫”屈服。

    湘军自建立之初，便是依据明代抗倭名将戚继光所创的“戚家军”模式，以家族、同乡、师生等关系为纽带，依托于一张强大的私人关系网。整个湘军从上至下采取层层相依、各对其上级负责的办法，由曾国藩指定统领，统领自选营官，营官自选哨官，哨官则自行招募什长。各营编列番号，互不统属，直接受曾国藩指挥。这一套系统，开近代军阀制度“兵为将有”之先河，成为清代兵制一大变革。最直接的后果，就是导致湘军具有很强的排他性，除了曾国藩外，旁人很难指挥得动。曾国藩坐了一年多冷板凳后，战局恶化，湘军将领完全不服清廷调遣，咸丰皇帝才不得不再次起用曾国藩，但仍然对他心存顾忌，未把他所希望得到的两江总督位子给他。

    直到咸丰十年（1860），清廷用来围困太平天国京师天京的江南、江北大营彻底瓦解，已经到了无兵可战、无饷可发的绝境，咸丰皇帝才被迫让步，不得不将镇压太平天国的希望完全放到曾国藩等汉人大臣身上。他这一生中，最不能放心的有两个人，第一个是他的弟弟奕？，第二个便是曾国藩。要说不放心的程度，曾国藩尚排在奕？之上。可是皇帝现在却要倚靠一个他最不能放心的人来挽救清朝统治，这实在是历史绝大的讽刺。

    咸丰十年（1860），在御前大臣肃顺（清朝宗室，镶蓝旗人，郑亲王乌尔恭阿第六子，郑亲王端华之弟）的倾力推荐下，曾国藩终于如愿以偿，被任命为两江总督，统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提督以下悉归节制，从此集军、政、财权于一身，成为清军镇压太平天国的最高统帅。