蒋介石在下台前夕，为继续进行战争作了部署，指派其亲信嫡系担任各地的军政要职。1948年12月29日，国民党中央任命蒋经国为台湾省党部主任委员。1949年1月1日，蒋介石任命陈诚为台湾省政府主席。1月18日至21日，蒋介石先后任命陈诚为台湾省警备司令；撤消衢州绥靖公署，改设福州绥靖公署，任命朱绍良为主任，并兼福建省政府主席；任命方天为江西省政府主席，薛岳为广东省政府主席，张发奎为海南特别行政区长官，王陵基为四川省政府主席；张群为重庆绥请公署主任，余汉谋为广州绥靖公署主任；指定胡宗南负责筹划陕南及川北地区的军事作战，以此加强对江南、华南和西南地区的控制，阻止人民解放军向上述地区的进军。同时，蒋介石还将京沪警备司令部扩大为京沪杭警备总司令部，任命汤恩伯为总司令，统一指挥苏浙皖及赣东地区的军事，积极布置湖口到上海间的长江防务，阻止人民解放军渡江。

    蒋介石“引退”后，在溪口建立了37部电台，继续以国民党总裁的身份指挥军队和特务系统，控制党政军大权，使李宗仁发布的命令成为一纸空文，一项也实行不了。1月21日，国民党军参谋总长顾祝同在给各军军长的命令中称：“总统离京赴杭，事先有计划步骤，政治方面交由李副总统及孙院长负责，军事方面由总长负责，经济军事均有充分准备。共党如无和平诚意，决与作战到底，以求最后胜利。”1月24日，国民党中央宣传部在《特别紧急宣传通报》中也说：“总裁虽暂不行使总统职权，但仍以总裁地位继续领导本党致力革命。本党同志更须共同精诚接受总统之指示。”关于和平问题必须“研究总裁元旦文告及一月二十一日声明，以为言论之基准”。25日，蒋介石在溪口召见何应钦、顾祝同、汤恩伯等人，指示关于长江的布防问题，决定把长江防线划分为两大战区：湖口以西归华中“剿总”白崇禧指挥，湖口以东归汤恩伯指挥。会后，蒋派专人把作战方案送交白崇禧，命其执行。

    26日，蒋介石自奉化致函在南京、上海的国民党军事、政治、党务、特务首领，命令他们必须作战到底。29日，顾祝同给各部队下达了应付时局的密令：应下最大决心与中国共产党进行长期自救、自卫之战争；军队最近作战重点，在于封锁巩固长江，并保卫西北、西南；第一线部队要加强戒备，切实演练歼灭敌人的战术；后方整训部队及无作战任务部队，务须加紧补充训练，以提高作战精神及能力，争取在短期内变成劲旅；加紧维护后方治安秩序，肃清地方散匪，取缔造谣生事、罢工怠工等行为；应特别注意激励部队士气。

    李宗仁上台后不久，即召集国防部有关人员召开江防紧急会议，讨论江防计划。3月31日，即在国民党和谈代表团赴北平前夕，李宗仁在总统府召集何应钦、白崇禧、顾祝同、汤恩伯、宋希濂等人举行军事会议，进一步部署长江防务，会议责成京沪杭警备总司令部及华中“剿总”各部队严密防范人民解放军南渡，并决定了海军沿江巡逻，空军分区侦察以及交通补给等问题。同时，考虑到长江以南战线过长，兵力不敷分配，会议同意国防部的建议，将驻新疆近10万军队东调。会后，国防部多次电催新疆驻军加速东调。虽然由于种种原因，此项计划最后未能实现，但从中可看出李宗仁“和平”的真正目的。3月，李宗仁还多次到汤恩伯在上海举办的“高级人员作战训练班”上讲话，他说，我们有海空军，共产党则没有，共军官兵都是北方人，他们不适合在江南地区长久作战，因此，我们要在上海守6个月到1年是不成问题的。又说，国际局势最迟到明年这时，在远东必有大变化。我们的作战不是单独进行的，我们的胜败与美国有直接关系，美国决不会站在一旁看着我们失败。白崇禧也曾对黄绍说：共产党如果逼我太甚，仍然还是打，