是个鳏夫，正好求之不得。家康把自己的幕僚水野重忠的女儿收作养女，经过匆忙的准备之后，便把她嫁给了清正。差不多在同一时期，家康又把第二个养女嫁给福岛正则的嫡子福岛正之；把另一个养子许配给蜂须贺家政之子蜂须贺丰雄的事也在进行之中。

    “阿弥陀峰庙堂的新土还没有干，居然就这么肆无忌惮地公然破坏主上留下的法规了！”

    三成他们用这样的话来谴责家康和清正他们。然而，清正他们对此却不予理睬。不管三成仗着淀姬母子的权势，如何盛气凌人，从清正他们来说，他们是得到了北政所的默许的。在这方面，他们是胆大气粗的，从而就多少减轻一些因违反主上遗嘱而产生的内疚。而且，当清正私下拜谒的时候，宁宁曾悄悄地嘱咐他道：“万事听内府的。”

    只要是按宁宁的吩咐去做，就不会是对丰臣家的不忠。这样的习性，早从少年时代起，就成了他们精神上的一条准绳。

    秀吉死后的第二年，发生了所谓的关原之战。当纠纷发生，三成充当谋主，在大坂举旗讨伐家康的时候，宁宁抽身离开了大坂，移居京都，隐居在三本木地方，一心为秀吉祈求冥福。这期间，宁宁曾训诫自己的侄子——六万石的大名若狭小滨城主胜俊道：“不要弄错方向，要跟江户内府走。”另外，对胜俊的弟弟小早川秀秋——他也是宁宁的养子之一，一方面对于他由于偶然的原因而参加了西军一事，表示谅解，但是另一方面，却又以坚定的语气命令他道：“你以后要从西军内部策应内府！”

    加藤清正在九州进行了支援东军的活动。在关原战场上，福岛正则等宁宁从小一手栽培大的人以及她的亲属，全部投向了家康所领导的东军。而且他们个个都努力作战，最后，由于秀秋的内应，决定了战局的胜负。关原一仗摧毁了属于西军的淀姬一帮的势力。

    按照某种看法，甚至可以这样说：所谓关原之战，乃是秀吉的妻妾各自调动了十数万大军，在关原盆地展开的一场战争。家康乘机取得了天下。

    自那以后，就是宁宁的余生了。宁宁对这一事态以及时势的变化，始终不曾发过一言。她只是一心为秀吉做佛事，除此之外，没有给人留下任何印象。关原之战结束后数年，在庆长十年（1605），宁宁让孝藏主向家康要求说：“想要一所寺院。”

    家康十分尊重宁宁的这一意愿，他吩咐自己手下的重臣酒井忠世和土井利胜，负责在京都的东山山麓营造了一所壮丽的寺院。这就是高台寺。

    宁宁不仅把秀吉的牌位供奉在这座高台寺里，而且自己也在这里定居下来。家康对这位对自己带来了天下的女性，十分看重，把河内地方的一万三千石封地赐给她作为化妆费， 给她以优厚的待遇。 宁宁以尼姑的身份生活下去。到了元和六年（1620），大坂城陷落了，淀姬母子死去。那以后，宁宁还一直活着。直到江户幕府已进入第三代将军德川家光统治下的时候，即宽永六年（1629）九月六日，她才去世，享年七十六岁。

    江户时代的儒学家曾说过这样内容的话：“北政所的才气，导致了丰臣家的灭亡。”

    然而这种说法与事实多少有些出入。是她和秀吉共同培育了丰臣家这棵大树，而在秀吉死后，她又亲自挥剑，把这棵大树连根砍断了。使人感到有一种“宁可毁掉，不予他人”的近乎豪侠的气概。

    晚年，她享受着风花雪月，在受过她影响的大名们的敬慕之下，过着悠闲自得的日子。对于她自己的行动，看不出有什么悔恨之意。