廷中当然拥有着不小的实力与势力，为了争夺政治利益，很快的就与“东林”对起垒来。

    双方第一次把原本只在暗中角力的斗争搬上台面，引发成公然的冲突的导火线是为了推举李三才进入内阁的事——内阁大学士的名额既因沈一贯的去职以及另两位大学士的或去职或去世而有了空缺，递补的人选也就成了各方明争暗抢的对象；拥戴李三才的人们所持的理由是以往内阁大学士多由词臣出任，不免常因对广大的全国各地的民情了解不够而影响施政成绩，因而认为增补的人选宜考虑由外官中遴选；李三才挥霍有大略，出任外官多年，每到一地都很得民心，政绩非常好，因此是最适当的人选。

    但是李三才的政敌和有意入阁的其他人选和他们的拥护者也立刻展开了行动，收集了许多证据大力的攻击李三才，双方展开了一场激烈的争斗；表面上看起来，这场纷争只是支持或反对李三才出任内阁大学士而已，而实质上却是两个集团的大角力。

    朝臣中支持“东林”的人当然很不少，内阁中仅存的几位大学士之一的叶向高、吏部尚书孙丕扬这两个实质的政治地位较高的人也在其中；于是，顾宪成亲自写信给他两人，极力的推许李三才的能力；御史吴亮一向与李三才交好，便把这两封信附在邸报中公开，却没想到这反而帮了倒忙——攻击李三才的人抓到了把柄，指出李三才与东林有密切的关系，这一次的政争风波即是由东林在幕后操纵的——朝臣结党是明朝政府所明令禁止的，以往朝中即使有小圈子乃至三党的存在，也只能秘密的私下形成，李三才与东林的关系已经犯了大忌，攻击他的人更索性使用了“东林党”这个名词来加深万历皇帝的恶感；在这样不利的情势下，李三才只有自动辞官了事。

    这一仗，“东林”是打输了；但是，随即又藉着“京察”扳回一城——由于京察的主事者是吏部尚书，孙丕扬既是顾宪成昔日的长官，又一向对他赏识有加，当然很重视他的意见和建议；在万历三十九年的京察，大计京官中，孙丕扬雷厉风行的对不适任的官员提出了察劾黜落，三党中有许多人被劾，连两个领袖汤宾尹和顾天竣都不免；这一个回合的争斗，东林占了上风了。

    接下来，孙丕扬的行动是向万历皇帝推举顾宪成、高攀龙等多人出任官职；可是这一回却没有成功，万历皇帝没有接受他的推荐，上的奏疏全给“留中”了；而这时的孙丕扬已经年近八十，意兴阑珊，去意顿生，再数度辞官不准的情况下，他于第二年的二月“拜疏迳归”了。

    而这一年——万历四十年（西元一六一二年）——东林的损失更大：一向为实质领袖的顾宪成就在这一年因病去世了。

    继承顾宪成主持东林书院、领导东林运动的是他的学生高攀龙（西元一五六二——一六二六年）。

    高攀龙用功而博学，在学术上的成就很高，在宦途中却和其他的东林人物一样的不得意；他是万历十七年的进士，却因嗣父之丧，直到万历二十年才到京师谒选，任职行人司行人，第二年就因为上疏痛责不适任的内阁大学士王锡爵而被贬到广东揭扬做添注典史的小官，七个月后，他因事返乡，却遭到了丧亲之痛，也就索性辞官居家了。

    他在太湖边上盖了座“可楼”，住在里面读书，并以静坐来修心、思考；但，他却非隐居在此，不问世事——身为顾宪成的学生，他不但接受了顾宪成在学问上的指导，在精神的领域上所受到的影响更大；甚至，他的心志和使命都是与顾宪成相通的——身为知识份子，他同样的背负着“以天下为己任”的责任。

    但是，万历四十年以后的时局，败坏的脚步一日快过了一日；在政治上固然有东林与三党的争斗，在经济与财政上则更加困窘，万历皇帝建造定陵的花费和前些年间平宁夏哱拜、援朝鲜及平西南杨应龙乱的军费，