到冀中军区领导机关和主力部队，即分兵追歼突围的八路军部队。同时，在中心区留下机动部队，隐蔽集结于主要点线，故意留出较大的空隙，引诱八路军返回。由于冀中区党委和冀中军区对敌情判断不够准确，认为“扫荡”的日军可能已经撤走，只留下一部分建立据点，进行“清剿”，遂于5月21、22日连续发出反敌“清剿”、恢复地区的指示，要求第6、第8、第9军分区主力部队返回中心区。日军发现八路军返回中心区，立即以重兵围攻，第6、第8军分区部队受到相当大的损失。23日，当第6军分区机关率主力一部由德石线以南回到深县以南地区时，即遭日军第41师团等部1.5万余人的合围，第6军分区部队在李家角与日军激战终日，付出重大代价，毙伤日军400余人后，于当夜突围，第8军分区机关率主力一部，由束城地区返回河（间）肃（宁）公路以南的西道口。28日，准备向南伸入深（县）武（强）饶（阳）地区时，亦遭日军重兵合围，虽突出重围，但也付出重大代价。第9军分区机关率主力一部由白洋淀地区南下，迸到肃宁以西时，得悉第8军分区部队遭日军合围，即返回白详淀地区。

    6月初，日军转入第三阶段的“扫荡”。日军完全控<bdo>ｈｔtｐ://ｗwｗ.９9ｌｉｂ.nｅｔ</bdo>制了冀中抗日根据地中心区，转入全面“清剿”，实行“三光”政策，并大力建立伪政权、伪组织，建据点，筑公路，挖封锁沟。

    在此严重形势下，冀中区党委和冀中军区根据中共中央北方局，八路军总部和晋察冀军区的指示，于6月4日决定，以部分地方武装，实行高度分散，配合民兵就地坚持斗争，领导机关和主力部队迅速转向邻区。上旬，第17、第18、第29团先后经无极以北的贵子里和定县以南地区，冲破日军的重围，于7月初转至北岳区。第22团和警备旅第1团等部于6月9日转移至深泽以北宋庄时，遭日伪军2000余人围攻。该部即依托村落，构筑防御阵地，与日伪军展开村落战，经过30多次的反复争夺，歼敌400余人，终于把日伪军逐出村外，并乘夜暗胜利突围。第8军分区机关率部于9日拂晓转移至肃河公路南侧时遭敌合击，激战至午后，大部伤亡、失散；一部突围，于7月初转至山东根据地冀鲁边区。

    冀中区党委和军区机关率第27团于6月12日转至冀南抗日根据地南宫、威县间的掌史村时，遭日军合围，激战后突围，至7月初转移至冀鲁豫边抗日根据地。警备第1团，抗大第3团、骑兵团及回民支队等部，也于7月初分别转移至冀鲁豫边抗日根据地；警备旅第2团转移到太行山区。转到邻区的机关、部队，于9月陆续转至晋察冀抗日根据地北岳区。留在冀中的武装和广大群众，在极端残酷的情况下，与日军展开了艰苦激烈的反“清剿”斗争。

    日军对冀中的大“扫荡”到6月20日结束，大部陆续撤走，留下守备部队和伪军继续进行“清剿”。据不完全统计，这次反“扫荡”，冀中八路军作战272次，毙伤日伪军1.1万余人，粉碎了日军消灭冀中军区领寻机关和主力部队的企图，保存了力量。但也遭到很大损失。日军据点增至1635处，公路增到6000余公里，封锁沟增到3000余公里，冀中抗日根据地被分割成2670余块，形成“格子网状”，大部沦为敌占区，部分变为游击区。冀中军区部队减员46.8％，地方党政机关和群众团体遭到严重破坏，群众伤亡和被掳走达5万余人，形成“无村不戴孝，处处闻哭声”的悲惨景象。从此，冀中敌后抗日游击战争进入了更加残酷和困难的阶段。