武汉会战前，日本大本营判断，攻占武汉，控制中国腹心地区、击歼中国军队主力井夺取广州、切断中国的国际补给线后，可以迫使国民政府屈服。但事实与其愿望相反。武汉失守后，中国军队主力既未被歼，国民政府亦未屈服，华北敌后战场已经开辟，游击战争广泛展开，沦陷区内，日军占领点线已感兵力不足，难以确保“治安”。此时，日军用于侵华的军队，陆军己达24个师团和1个飞行集团；在中国东北，还配置有防备苏联的9个师团；日本国内，仅留有1个近卫师团。在现有兵力情况下，已无力发动大规模的进动。因而，日本大本营在1938年11月19日制定的《战争指导方针》和12月6日制定的《对中国事变处理方案》决定，放弃速战速决战略，改取持久作战战略，在基本上“不扩大占领地域”的原则下，以局部有限攻势、战略轰炸和切断中国国际补给线，来打击国民政府的抗战意志；并以有力部队击歼后方游击部队，以保持占领区的“治安”；运用中国的人力及资源，“以华制华”，维持对中国的占领；同时加强政治攻势，扶植傀儡政权，谋求结束战争。根据上述原则，日军参谋本部制定的《陆军在华作战指导纲要》规定：华北方面，“确保主要交通线”，“在占据地域内实行大规模之扫荡作战”。为此，在华中“留置6个师团，其余转用于华北方面”，华南则“逐次以守备部队代替，主力转用于华北方面”；华中方面，除“恢复上海、南京、杭州间地域之治安”外，“配置于武汉地区之作战军，协同海军，确保由岳州迄长江下游之交通，以武汉三镇及九江为根据地，摧毁敌人的抗战企图，作战地域，大致定为安庆、信阳、岳州、南昌之间”；华南方面，“以遮断中国补给为目的，配置最小限之兵力”。

    武汉会战后，中国军事委员会委员长蒋介石，先后于湖南南岳、陕西武功召开高级将领军事会议，检讨此前抗战的得失，分析敌情，认为，今后第二期的抗战是转守为攻、转败为胜的时期。为适应战局的要求，重新决定了作战方针、重行划分了各个战区，调整了兵力部署，整理了军队编组，并简化了指挥层次。撤销兵团、军团，以军为战略单位，由统帅部至军，中间只有战区、集团军2个层次。将步兵师逐步由2旅4团制改为3团制。同时，合并军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营，改设桂林、天水2个行营，以统一指挥南北两个战场各地区之作战。1939年1月7日，军事委员会颁发的《国军第二期作战指导方案》的作战方针是：“国军应以一部增强被敌占领地区内力量，积极展开广大游击战，以牵制消耗敌人。主力应配置于、赣、湘赣、湘西、粤汉、平汉、陇海、豫西、鄂西各要线，极力保持现在态势。不得已时，亦应在现地线附近，尽量牵制敌人，获取时间之余裕，俟新战力培养完成，再行策动大规模攻势。”

    南昌是江西的首府，位于九江以南，赣江与鄱阳湖之间，南邻浙赣铁路，系第九战区重要战略基地之一。武汉会战时，日军第11军就奉有攻略南昌之任务。但由于其第101、第106师团沿南浔路前进时攻击受挫，特别是第106师团在万家岭几乎被全歼，所以未能完成任务，被阻止于修水北岸。中国空军以南昌机场为基地，经常袭击九江附近在长江中航行的日海军舰艇，对九江及武汉日军的后方补给交通线威胁甚大。日军攻占武汉后，为切断浙江、安徽、江西经浙赣路至大后方的交通线，解除对九江及长江航道的威胁，占领南昌机场以缩短其对中国南方进行战略轰炸的航程，决定再次进攻南昌，并仍以第101师团和第106师团为主攻部队。由于这2个师团损失惨重，必须休整、补充才能进行战斗，所以预定于1939年3月间沿南污路发动进攻。

    为保证进攻成功，在准备期间，第11军司令官冈村宁次，数次派作战主任参谋宫崎周一